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- PDB-1u5q: Crystal Structure of the TAO2 Kinase Domain: Activation and Speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5q
タイトルCrystal Structure of the TAO2 Kinase Domain: Activation and Specifity of a Ste20p MAP3K
要素serine/threonine protein kinase TAO2
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


basal dendrite morphogenesis / basal dendrite arborization / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuropilin binding / focal adhesion assembly / regulation of postsynapse organization / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of synaptic membrane adhesion / dendritic growth cone / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling ...basal dendrite morphogenesis / basal dendrite arborization / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuropilin binding / focal adhesion assembly / regulation of postsynapse organization / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of synaptic membrane adhesion / dendritic growth cone / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of MAPK cascade / MAP kinase kinase kinase activity / axonal growth cone / stress-activated MAPK cascade / neuron projection morphogenesis / axonogenesis / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / regulation of cell shape / MAPK cascade / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / non-specific serine/threonine protein kinase / receptor complex / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / neuron projection / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / glutamatergic synapse / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase TAO2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhou, T. / Raman, M. / Gao, Y. / Earnest, S. / Chen, Z. / Machius, M. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the TAO2 Kinase Domain; Activation and Specificity of a Ste20p MAP3K.
著者: Zhou, T. / Raman, M. / Gao, Y. / Earnest, S. / Chen, Z. / Machius, M. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2004年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: serine/threonine protein kinase TAO2
B: serine/threonine protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9014
ポリマ－79,8212
非ポリマー802
水7,819434
1
A: serine/threonine protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9512
ポリマ－39,9101
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: serine/threonine protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9512
ポリマ－39,9101
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: serine/threonine protein kinase TAO2
ヘテロ分子

A: serine/threonine protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9014
ポリマ－79,8212
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area1860 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.220, 186.220, 94.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 serine/threonine protein kinase TAO2


分子量: 39910.469 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Kinase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: serine/threonine protein kinase TAO2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9JLS3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.006 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Imidazole, PEG 1000, calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.96417 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 56538 / Num. obs: 54996 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The peptide bond Sep181 - Phe182 in both chains is 2.1 - 2.3 A long.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 2783 -Random
Rwork0.2227 ---
all-54996 --
obs-54996 97.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.587 Å2-3.179 Å20 Å2
2---3.587 Å20 Å2
3---7.174 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4980 0 2 434 5416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.70666
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013327
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2907 51
Rwork0.2936 -
obs-966

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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