PDB-3gui: T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gui

タイトル

T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--Apo structure

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / T4 lysozyme / apolar cavity / buried charge / ligand binding / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Liu, L. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
著者: Liu, L. / Baase, W.A. / Michael, M.M. / Matthews, B.W.

履歴

登録	2009年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gui.cif.gz	55.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gui.ent.gz	38.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gui_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gui_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	3gui_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	3gui_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gujC 3gukC 3gulC 3gumC 3gunC 3guoC 3gupC 3dmvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dyd-d 181l-d 1dyg-d 1l12-d 1l15-d 1l73-d 1l18-d 1l37-d 1dyf-d 1l54-d 232l-d 1l56-d 1l99-d 1qs5-d 1l44-d 1g0p-d 1l52-d 1dya-d 1l21-d 1l60-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (7) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (7)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.769, 48.769, 128.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-760- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18785.688 Da / 分子数: 1 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

#1: タンパク質

Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin

分子量: 18785.688 Da / 分子数: 1 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 210分子

#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 化合物	ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₇NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 8000, 0.20M ammonium sulfate, 0.10M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: Double crystal Si(111)
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.45→45.6 Å / Num. obs: 28430 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 42
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DMV

3dmv

解像度: 1.45→38.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.495 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20648	1433	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18451	-	-	-
obs	0.18558	26915	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→38.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1297	0	24	206	1527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.975	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.719	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.578	23.088	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.34	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.613	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.307	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.22	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.912	1.5	879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.33	2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.354	3	614
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.719	4.5	539
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	109	-
R_work	0.218	1958	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4272	-0.0271	0.2727	4.1678	-1.26	2.7395	-0.0412	-0.1517	-0.1222	-0.0291	-0.0484	-0.0401	0.2781	-0.1086	0.0895	-0.0295	-0.0309	-0.0045	-0.0545	0.0083	-0.0617	15.752	-26.235	58.058
2	2.2623	-0.6752	-1.301	1.957	1.9741	4.4639	0.0042	0.1753	-0.032	0.0728	-0.035	-0.0014	0.1317	-0.0036	0.0308	0.0209	0.001	-0.0119	-0.0644	-0.0082	-0.0656	23.092	-31.992	41.633
3	1.1578	0.4805	-0.4807	1.8821	-0.0764	1.6608	0.1428	0.0522	0.191	0.0551	-0.0215	0.1734	-0.042	-0.0575	-0.1213	-0.0465	-0.008	0.0299	-0.0823	0.0051	-0.0476	19.9	-16.831	54.779
4	1.1658	0.0956	-0.0641	1.0053	0.136	1.3494	0.072	0.0535	0.0396	-0.0156	-0.0335	0.0515	0.0133	-0.0554	-0.0385	-0.0156	-0.0116	0.0169	-0.0512	0.0085	-0.0488	20.633	-20.624	51.185

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	603 - 771

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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