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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gni | ||||||
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タイトル | Structure of STRAD and MO25 | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / kinase fold / pseudokinase / alpha helical repeat protein / adaptor protein / ATP-binding / Cell cycle (細胞周期) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Transferase (転移酵素) / METAL BINDING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX / SIGNALING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular protein-containing complex / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / serine/threonine protein kinase complex / cellular hypotonic response / response to thyroid hormone / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / G1 to G0 transition / protein kinase activator activity / activation of protein kinase activity ...intracellular protein-containing complex / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / serine/threonine protein kinase complex / cellular hypotonic response / response to thyroid hormone / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / G1 to G0 transition / protein kinase activator activity / activation of protein kinase activity / protein export from nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / response to activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Z disc / kinase binding / peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular signal transduction / Neutrophil degranulation / シグナル伝達 / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Zeqiraj, E. / Goldie, S. / Alessi, D.R. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009 タイトル: ATP and MO25alpha regulate the conformational state of the STRADalpha pseudokinase and activation of the LKB1 tumour suppressor 著者: Zeqiraj, E. / Filippi, B.M. / Goldie, S. / Navratilova, I. / Boudeau, J. / Deak, M. / Alessi, D.R. / van Aalten, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gni.cif.gz | 148.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gni.ent.gz | 113.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39922.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAB39, MO25, CGI-66 / プラスミド: pOPC / Cell (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y376 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43762.617 Da / 分子数: 1 / Fragment: Protein kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STRADA, LYK5, STRAD / プラスミド: pOPC / Cell (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7RTN6 |
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.4 詳細: 0.1 M MES pH 6.4, 10% PEG8000, 0.25 microL of 1 M NDSB-256, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING SI (111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 34668 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1UPK AND 1U5R 解像度: 2.35→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 18.778 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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