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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gkr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Weissella viridescens FemX:UDP-MurNAc-hexapeptide complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/Transferase Product / FEMX / PEPTIDOGLYCAN (ペプチドグリカン) / HEXAPEPTIDE (ペプチド) / transferase (転移酵素) / Transferase-Transferase Product complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus viridescens (バクテリア) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Delfosse, V. / Piton, J. / Villet, R. / Lecerf, M. / Arthur, M. / Mayer, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of Weissella viridescens FemX with the UDP-MurNAc-hexapeptide product of the alanine transfer reaction 著者: Delfosse, V. / Piton, J. / Villet, R. / Lecerf, M. / Arthur, M. / Mayer, C. | ||||||
履歴 |
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Remark 400 | COMPOUND GROUP: 1 NAME: UDP-MURNAC-HEXAPEPTIDE PRODUCT CHAIN: A, B COMPONENT_1: UDP-MURNAC-PEPTIDE ... COMPOUND GROUP: 1 NAME: UDP-MURNAC-HEXAPEPTIDE PRODUCT CHAIN: A, B COMPONENT_1: UDP-MURNAC-PEPTIDE COMPONENT_2: ALANINE DESCRIPTION: UDP-MURNAC-HEXAPEPTIDE PRODUCT OF THE ALANINE TRANSFER REACTION. ALANINE IS TRANSFERRED BY FEMX TO THE NZ OF LYSINE RESIDUE OF UDP-MURNAC-PEPTIDE |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gkr.cif.gz | 99.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gkr.ent.gz | 71.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gkr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gkr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ne9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38326.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus viridescens (バクテリア) 遺伝子: femX / プラスミド: PTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 参照: UniProt: Q9EY50, UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1150.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
-非ポリマー , 4種, 519分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-ALA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG6000, 0.3M chlorure de sodium, 0.01M chlorure de magnesium, 0.07M sulfate d'ammonium, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97985 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97985 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→27.2 Å / Num. all: 51014 / Num. obs: 50198 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 8475 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NE9 解像度: 1.6→27.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.531 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.912 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.153 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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