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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fv4 | ||||||
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タイトル | Thermolysin inhibition | ||||||
要素 | Thermolysinテルモリシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / protease phosphonamidate inhibitor / Metal-binding / Metalloprotease (金属プロテアーゼ) / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Englert, L. / Biela, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010 タイトル: Displacement of disordered water molecules from hydrophobic pocket creates enthalpic signature: binding of phosphonamidate to the S1'-pocket of thermolysin. 著者: Englert, L. / Biela, A. / Zayed, M. / Heine, A. / Hangauer, D. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fv4.cif.gz | 87.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fv4.ent.gz | 62.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fv4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fv4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-548 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン |
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-非ポリマー , 6種, 285分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-1U4 / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50mM Tris/HCl, 50% DMSO, 1.9MCsCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日 / 詳細: Double crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator KMC-2 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→27 Å / Num. all: 47630 / Num. obs: 47630 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2282 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1TMN 解像度: 1.56→10 Å / Num. parameters: 11309 / Num. restraintsaints: 10604 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2763 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→10 Å
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拘束条件 |
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