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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fib | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT HUMAN GAMMA-FIBRINOGEN CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 143-411) BOUND TO CALCIUM AT PH 6.0: A FURTHER REFINEMENT OF PDB ENTRY 1FIB, AND DIFFERS FROM 1FIB BY THE MODELLING OF A CIS PEPTIDE BOND BETWEEN RESIDUES K338 AND C339 | ||||||
要素 | FIBRINOGEN GAMMA CHAIN RESIDUES | ||||||
キーワード | BLOOD COAGULATION (凝固・線溶系) / FIBRINOGEN (フィブリノゲン) / FIBRIN POLYMERIZATION / CIS PEPTIDE BONDS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane ...platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / protein polymerization / Integrin cell surface interactions / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of vasoconstriction / fibrinolysis / cell adhesion molecule binding / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of protein secretion / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 血小板 / response to calcium ion / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 小胞体 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / structural molecule activity / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Pratt, K.P. / Cote, H.C.F. / Chung, D.W. / Stenkamp, R.E. / Davie, E.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: The primary fibrin polymerization pocket: three-dimensional structure of a 30-kDa C-terminal gamma chain fragment complexed with the peptide Gly-Pro-Arg-Pro. 著者: Pratt, K.P. / Cote, H.C. / Chung, D.W. / Stenkamp, R.E. / Davie, E.W. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of a 30 kDa C-Terminal Fragment from the Gamma Chain of Human Fibrinogen 著者: Yee, V.C. / Pratt, K.P. / Cote, H.Cf. / Le Trong, I. / Chung, D.W. / Davie, E.W. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fib.cif.gz | 62.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fib.ent.gz | 48.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fib | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28256.275 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 143 - 411 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD血液 / プラスミド: PPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P02679 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: 18% PEG 8000, 0.1 M MES PH 6.0, 70MM CACL2, SITTING DROP VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年8月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→33 Å / Num. obs: 12334 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0333 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→10 Å 詳細: THERE WAS NO APPARENT ELECTRON DENSITY FOR C-TERMINAL RESIDUES 393 - 411. PROTEOLYSIS AT THE C-TERMINUS WAS CONFIRMED BY MASS SPECTROMETRY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→10 Å / Rfactor Rfree: 0.2318 / Rfactor Rwork: 0.1702 / Total num. of bins used: 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.1702 |