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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fbb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Mimivirus NDK N62L-R107G double mutant complexed with UDP | ||||||
要素 | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / phosphotransferase nucleotide binding / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide metabolism / Nucleotide-binding / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009 タイトル: Dissecting the unique nucleotide specificity of mimivirus nucleoside diphosphate kinase. 著者: Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fbb.cif.gz | 173.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fbb.ent.gz | 138 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fbb_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fbb_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3fbb_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fbb_validation.cif.gz | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fbb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2b8pSC 2b8qC 3b6bC 3ddiC 3dkdC 3ee3C 3eicC 3ejmC 3elhC 3em1C 3emtC 3enaC 3etmC 3evmC 3evoC 3evwC 3fbcC 3fbeC 3fbfC 3fc9C 3fcvC 3fcwC 3g2xC 3gp9C 3gpaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16200.407 Da / 分子数: 6 / 変異: N62L, R107G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 遺伝子: MIMI_R418, NDK / プラスミド: pDIGS02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5UQL3, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-UDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 40-44% MPD, 0.1M MOPS, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月9日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→70 Å / Num. obs: 44282 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.801 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6333 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2b8p 解像度: 2.4→28.549 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.162 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.84 Å2 / Biso mean: 41.236 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.549 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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