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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f9m | ||||||
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タイトル | Human pancreatic glucokinase in complex with glucose and activator showing a mobile flap | ||||||
要素 | Glucokinaseグルコキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glucokinase (グルコキナーゼ) / Hexokinase IV (ヘキソキナーゼ) / ATP-binding / Diabetes mellitus (糖尿病) / Disease mutation / Glycolysis (解糖系) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / NADP metabolic process / glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / 解糖系 / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Petit, P. / Gluais, L. / Lagarde, A. / Vuillard, L. / Boutin, J.A. / Ferry, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: The active conformation of human glucokinase is not altered by allosteric activators 著者: Petit, P. / Antoine, M. / Ferry, G. / Boutin, J.A. / Lagarde, A. / Gluais, L. / Vincentelli, R. / Vuillard, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f9m.cif.gz | 114.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f9m.ent.gz | 85.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f9m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/3f9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/3f9m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52996.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35557, グルコキナーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / |
#3: 化合物 | ChemComp-MRK / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→19.74 Å / Num. obs: 73934 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.25 % / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 85.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V4S 解像度: 1.5→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.905 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.162 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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