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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ey5 | ||||||
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タイトル | Putative acetyltransferase from GNAT family from Bacteroides thetaiotaomicron. | ||||||
要素 | Acetyltransferase-like, GNAT family | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / APC60148 / acetyltransferase / GNAT family / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray crystal structure of putative acetyltransferase from GNAT family from Bacteroides thetaiotaomicron. 著者: Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ey5.cif.gz | 53.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ey5.ent.gz | 38.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ey5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3ey5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3ey5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | authors state that the biological unit is the same as asymmetric unit based on PISA prediction. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22193.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2051 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A635 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS buffer, 1.2 M sodium/potassium phosphate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→21.3 Å / Num. all: 9184 / Num. obs: 9184 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 5.54 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique all: 442 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→21.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.253 / WRfactor Rwork: 0.225 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.821 / SU B: 15.417 / SU ML: 0.182 / SU R Cruickshank DPI: 0.442 / SU Rfree: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.81 Å2 / Biso mean: 24.739 Å2 / Biso min: 9.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→21.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.149→2.204 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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