PDB-3ele: Crystal structure of Amino Transferase (RER070207001803) from Eub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ele

タイトル

Crystal structure of Amino Transferase (RER070207001803) from Eubacterium rectale at 2.10 A resolution

要素

Amino Transferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / RER070207001803 / Amino Transferase /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI-2 / Aminotransferase class I and II

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの /

transaminase activity / biosynthetic process /

pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Eubacterium rectale (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Amino Transferase (RER070207001803) from Eubacterium rectale at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn / struct_ref_seq Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ele.cif.gz	331 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ele.ent.gz	280.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ele.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3ele ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3ele	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ix8-1 1aam-1 1bqd-d 1asn-d 4w5k-d 3ezs-d 5wml-d 3paa-1 2aat-1 6l1o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391594

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Amino Transferase

B: Amino Transferase

C: Amino Transferase

D: Amino Transferase

ヘテロ分子

181 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Amino Transferase

B: Amino Transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Amino Transferase

D: Amino Transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.564, 68.387, 98.112
Angle α, β, γ (deg.)	82.510, 79.520, 75.680
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 396 / Label seq-ID: 1 - 396

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

詳細

AUTHORS STATE THAT CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Amino Transferase 分子量: 44871.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eubacterium rectale (バクテリア) 遺伝子: RER070207001803 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: D0VX02*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0000M LiCl, 20.0000% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97936,0.97917

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月10日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97936	1
3	0.97917	1

反射

解像度: 2.1→29.881 Å / Num. obs: 92103 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 25.239 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 9.121

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.1-2.15	0.35	2.1	13457	6769	0.35	96.7
2.15-2.21	0.299	2.2	13057	6562	0.299	96.8
2.21-2.28	0.259	1.7	12848	6459	0.259	97.1
2.28-2.35	0.209	3.5	12474	6265	0.209	97
2.35-2.42	0.19	3.9	12017	6040	0.19	97.2
2.42-2.51	0.17	4.4	11655	5853	0.17	97.3
2.51-2.6	0.147	5.1	11250	5647	0.147	97.4
2.6-2.71	0.126	5.7	10851	5452	0.126	97.5
2.71-2.83	0.106	7	10486	5268	0.106	97.7
2.83-2.97	0.086	8.4	9973	5010	0.086	97.8
2.97-3.13	0.068	10.5	9496	4769	0.068	97.9
3.13-3.32	0.052	13.7	8991	4515	0.052	98.1
3.32-3.55	0.045	15.1	8446	4242	0.045	98
3.55-3.83	0.037	17.9	7930	3988	0.037	98.3
3.83-4.2	0.034	18.1	7236	3637	0.034	98.5
4.2-4.7	0.031	21	6620	3324	0.031	98.5
4.7-5.42	0.035	17.5	5811	2920	0.035	98.7
5.42-6.64	0.039	16.5	4908	2467	0.039	98.7
6.64-9.39	0.037	15.8	3797	1907	0.037	98.8
9.39-29.89	0.037	15.8	1996	1009	0.037	95.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.881 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 10.333 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	4610	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.175	92101	97.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.34 Å² / B_iso mean: 36.74 Å² / B_iso min: 10.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0.48 Å²	0.22 Å²
2-	-	-1.69 Å²	-1.15 Å²
3-	-	-	3.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12432	0	114	772	13318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	12956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.968	17577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	3	21178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.871	5	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.234	24.303	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.051	15	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.839	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.167	0.2	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.137	0.2	8735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	6455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.072	0.2	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.146	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.982	2	8414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.163	2	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.602	4	12865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.038	6	5494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.922	8	4692

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5011 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
1	A	LOOSE THERMAL	1.99	10
2	B	LOOSE THERMAL	2.01	10
3	C	LOOSE THERMAL	1.91	10
4	D	LOOSE THERMAL	1.91	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	348	-
R_work	0.22	6421	-
all	-	6769	-
obs	-	-	96.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7738	-0.1599	0.1651	0.7172	-0.0297	0.3959	0.0552	0.0238	0.0475	-0.06	-0.0508	-0.0191	-0.0996	-0.0495	-0.0043	-0.0783	0.0228	0.0018	-0.1079	0.0105	-0.1744	69.441	82.971	-12.149
2	0.604	-0.1925	0.0051	0.8643	0.023	0.4312	0.071	0.0736	0.0131	-0.0962	-0.0434	-0.1823	-0.0016	0.0888	-0.0276	-0.1126	0.0192	-0.0202	-0.0931	0.0061	-0.1593	90.64	54.082	-15.199
3	0.5428	0.2981	-0.1051	2.3202	-0.5111	0.5404	0.0157	-0.0906	-0.1379	0.4048	-0.0862	-0.0976	-0.0346	-0.0199	0.0706	0.0008	-0.0417	-0.053	0.0451	0.0271	-0.1426	76.902	39.732	31.289
4	1.2056	-0.1362	0.0016	1.5837	0.6008	0.6782	-0.0799	-0.1892	-0.0227	0.3756	-0.0667	0.4906	0.1048	-0.0956	0.1466	0.0058	-0.0441	0.1128	0.0451	-0.0141	-0.0097	53.68	67.326	33.112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 397
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 397
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 397
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 397

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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