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Yorodumi- PDB-4w5k: Structure of a mitochondrial aspartate aminotransferase from Tryp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4w5k | ||||||
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Title | Structure of a mitochondrial aspartate aminotransferase from Trypanosoma brucei, K237A mutant | ||||||
Components | Aspartate aminotransferase, mitochondrial | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Aspartate aminotransferase / mitochondrial / Trypanosoma brucei / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information L-alanine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / nuclear lumen / L-methionine salvage from methylthioadenosine / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / ciliary plasm / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2015 Title: Structures of aspartate aminotransferases from Trypanosoma brucei, Leishmania major and Giardia lamblia. Authors: Abendroth, J. / Choi, R. / Wall, A. / Clifton, M.C. / Lukacs, C.M. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W. / Myler, P. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4w5k.cif.gz | 324.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4w5k.ent.gz | 261.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4w5k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4w5k_validation.pdf.gz | 478.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4w5k_full_validation.pdf.gz | 483.5 KB | Display | |
Data in XML | 4w5k_validation.xml.gz | 36.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4w5k_validation.cif.gz | 55.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/4w5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/4w5k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3mebC 4eu1SC 4h51C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is a dimer, the same as asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 43819.129 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K237A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb11.02.2740 / Plasmid: TrbrA.01471.a.B13 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q385Q9, aspartate transaminase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Rigaku Reagents JCSG+ G8: 20% PEG 3350, 150mM Na2 DL-malic acid; TrbrA.01471.a.B13.PS01760 at 28.8 mg/ml, tray 243596g8, puck qjb3-4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 97248 / Num. obs: 97248 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 16.09 / Num. measured all: 372563 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4EU1, native structure Resolution: 1.7→38.088 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.93 Å2 / Biso mean: 29.5852 Å2 / Biso min: 11.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→38.088 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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