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Yorodumi- PDB-6f77: Crystal structure of the prephenate aminotransferase from Rhizobi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6f77 | ||||||
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Title | Crystal structure of the prephenate aminotransferase from Rhizobium meliloti | ||||||
Components | (Aspartate aminotransferase A) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Prephenate aminotransferase Rhizobium meliloti | ||||||
Function / homology | Function and homology information glutamate-prephenate aminotransferase / glutamate-prephenate aminotransferase activity / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhizobium meliloti (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.794 Å | ||||||
Authors | Cobessi, D. / Giustini, C. / Graindorge, M. / Matringe, M. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2019 Title: Tyrosine metabolism: identification of a key residue in the acquisition of prephenate aminotransferase activity by 1 beta aspartate aminotransferase. Authors: Giustini, C. / Graindorge, M. / Cobessi, D. / Crouzy, S. / Robin, A. / Curien, G. / Matringe, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6f77.cif.gz | 943.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6f77.ent.gz | 777.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6f77.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6f77_validation.pdf.gz | 489.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6f77_full_validation.pdf.gz | 503.8 KB | Display | |
Data in XML | 6f77_validation.xml.gz | 96.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6f77_validation.cif.gz | 140.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f77 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6f35C 6f5vSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43630.609 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium meliloti (strain 1021) (bacteria) Strain: 1021 / Gene: aatA, R02325, SMc01578 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q02635, aspartate transaminase #2: Protein | | Mass: 43858.727 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium meliloti (strain 1021) (bacteria) Strain: 1021 / Gene: aatA, R02325, SMc01578 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q02635, aspartate transaminase #3: Chemical | ChemComp-PLP / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.2 M ammonium formate, 19 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.79→48.118 Å / Num. obs: 213629 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 2.96 % / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.77 |
Reflection shell | Resolution: 1.79→1.9 Å / Redundancy: 2.94 % / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 33152 / CC1/2: 0.729 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 94.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6F5V Resolution: 1.794→48.118 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.794→48.118 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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