- PDB-3eh2: Crystal structure of the human COPII-coat protein Sec24c -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3eh2
タイトル
Crystal structure of the human COPII-coat protein Sec24c
要素
Protein transport protein Sec24CProtein targeting
キーワード
PROTEIN TRANSPORT / COPII-coat protein / vesicle transport (小胞) / Cytoplasm (細胞質) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / ER-Golgi transport / Golgi apparatus (ゴルジ体) / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報
COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / MHC class II antigen presentation / SNARE binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / MHC class II antigen presentation / SNARE binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / in utero embryonic development / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能
温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN VIA THE HANGING-DROP METHOD, BY ADDING 1UL PROTEIN SOLUTION TO 1UL OF WELL SOLUTION COMPRISING 6% (W/V) PEG 4000 AND 0.1 M MES., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
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データ収集
回折
平均測定温度: 200 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 104257 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル
解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.3
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解析
ソフトウェア
名称
分類
CBASS
データ収集
CNS
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
CNS
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→41.78 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber