[日本語] English
- PDB-3eh2: Crystal structure of the human COPII-coat protein Sec24c -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eh2
タイトルCrystal structure of the human COPII-coat protein Sec24c
要素Protein transport protein Sec24CProtein targeting
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII-coat protein / vesicle transport (小胞) / Cytoplasm (細胞質) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / ER-Golgi transport / Golgi apparatus (ゴルジ体) / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Cargo concentration in the ER / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / SNARE binding / MHC class II antigen presentation / intracellular protein transport ...COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Cargo concentration in the ER / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / SNARE binding / MHC class II antigen presentation / intracellular protein transport / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER to Golgi transport vesicle membrane / in utero embryonic development / endoplasmic reticulum membrane / zinc ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
beta-sandwich domain of Sec23/24 / Sec23/Sec24 helical domain / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 trunk domain / Zn-finger domain of Sec23/24 ...beta-sandwich domain of Sec23/24 / Sec23/Sec24 helical domain / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 trunk domain / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Gelsolin-like domain superfamily / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Severin / von Willebrand factor, type A domain / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec24C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Goldberg, J. / Mancias, J.D.
引用ジャーナル: Embo J. / : 2008
タイトル: Structural basis of cargo membrane protein discrimination by the human COPII coat machinery.
著者: Mancias, J.D. / Goldberg, J.
履歴
登録2008年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec24C
B: Protein transport protein Sec24C
C: Protein transport protein Sec24C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,0696
ポリマ-256,8733
非ポリマー1963
4,324240
1
A: Protein transport protein Sec24C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6902
ポリマ-85,6241
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein transport protein Sec24C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6902
ポリマ-85,6241
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein transport protein Sec24C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6902
ポリマ-85,6241
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.690, 182.980, 201.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec24C / Protein targeting / SEC24-related protein C


分子量: 85624.172 Da / 分子数: 3 / 断片: conserved core, UNP residues 329-1094 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53992
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN VIA THE HANGING-DROP METHOD, BY ADDING 1UL PROTEIN SOLUTION TO 1UL OF WELL SOLUTION COMPRISING 6% (W/V) PEG 4000 AND 0.1 M MES., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 104257 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→41.78 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.284 5212 RANDOM
Rwork0.241 --
obs-104257 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17547 0 3 240 17790

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る