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- PDB-3efw: Structure of AuroraA with pyridyl-pyrimidine urea inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efw
タイトルStructure of AuroraA with pyridyl-pyrimidine urea inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase 6Serine/threonine-specific protein kinase
キーワードTransferase/Inhibitor / AuroraA / STK6_human / ATP-binding / Cell cycle (細胞周期) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial fission / spindle organization / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of mitotic nuclear division / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / 紡錘体 / spindle / 動原体 / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 微小管 / postsynaptic density / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
オーロラAキナーゼ / オーロラキナーゼ / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...オーロラAキナーゼ / オーロラキナーゼ / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AK8 / オーロラAキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Bellon, S.F. / Cee, V. / Hughes, P. / Geuns-Meyer, S. / Whittington, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Pyridyl-pyrimidine benzimidazole derivatives as potent, selective, and orally bioavailable inhibitors of Tie-2 kinase.
著者: Cee, V.J. / Cheng, A.C. / Romero, K. / Bellon, S. / Mohr, C. / Whittington, D.A. / Bak, A. / Bready, J. / Caenepeel, S. / Coxon, A. / Deak, H.L. / Fretland, J. / Gu, Y. / Hodous, B.L. / ...著者: Cee, V.J. / Cheng, A.C. / Romero, K. / Bellon, S. / Mohr, C. / Whittington, D.A. / Bak, A. / Bready, J. / Caenepeel, S. / Coxon, A. / Deak, H.L. / Fretland, J. / Gu, Y. / Hodous, B.L. / Huang, X. / Kim, J.L. / Lin, J. / Long, A.M. / Nguyen, H. / Olivieri, P.R. / Patel, V.F. / Wang, L. / Zhou, Y. / Hughes, P. / Geuns-Meyer, S.
履歴
登録2008年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32013年6月26日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 6
B: Serine/threonine-protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2546
ポリマ－62,0732
非ポリマー1,1814
水1,08160
1
A: Serine/threonine-protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6273
ポリマ－31,0371
非ポリマー5912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6273
ポリマ－31,0371
非ポリマー5912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.511, 125.448, 75.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-specific protein kinase / Aurora kinase A / Aurora-A / Serine/threonine kinase 15 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / Aurora- ...Aurora kinase A / Aurora-A / Serine/threonine kinase 15 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase


分子量: 31036.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AURKA, AIK, ARK1, AURA, BTAK, STK15, STK6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-AK8 / 1-[3-methyl-4-({3-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl}oxy)phenyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 494.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21F3N6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 0.4 M Ammonium Sulfate, 15% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月19日 / 詳細: osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 24589 / Num. obs: 22081 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.29→2.41 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1453 / % possible all: 60.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 9.704 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29467 1110 5.1 %RANDOM
Rwork0.25808 ---
all0.26001 24339 --
obs0.26001 20740 85.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å20 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3846 0 82 60 3988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0181.9945465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6075476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05823.425181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00715660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3411526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1750.21657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22742
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4321.52483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78423856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.85431780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3364.51609
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.501 33 -
Rwork0.31 793 -
obs-793 44.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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