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- PDB-3ebl: Crystal Structure of Rice GID1 complexed with GA4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebl
タイトルCrystal Structure of Rice GID1 complexed with GA4
要素Gibberellin receptor GID1
キーワードHYDROLASE RECEPTOR / alpha/beta hydrolase / lipase (リパーゼ) / Gibberellin signaling pathway / Hydrolase (加水分解酵素) / Nucleus (Nucleus) / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


raffinose family oligosaccharide biosynthetic process / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / floral organ morphogenesis / gibberellin binding / response to gibberellin / gibberellic acid mediated signaling pathway / 加水分解酵素 / hydrolase activity / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ジベレリン / 硝酸塩 / リン酸塩 / Gibberellin receptor GID1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shimada, A. / Nakatsu, T. / Ueguchi-Tanaka, M. / Kato, H. / Matsuoka, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for gibberellin recognition by its receptor GID1.
著者: Shimada, A. / Ueguchi-Tanaka, M. / Nakatsu, T. / Nakajima, M. / Naoe, Y. / Ohmiya, H. / Kato, H. / Matsuoka, M.
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gibberellin receptor GID1
B: Gibberellin receptor GID1
C: Gibberellin receptor GID1
D: Gibberellin receptor GID1
E: Gibberellin receptor GID1
F: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,41438
ポリマ－245,4046
非ポリマー4,00932
水20,4111133
1
A: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5997
ポリマ－40,9011
非ポリマー6996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6327
ポリマ－40,9011
非ポリマー7326
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5997
ポリマ－40,9011
非ポリマー6996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5376
ポリマ－40,9011
非ポリマー6375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5085
ポリマ－40,9011
非ポリマー6084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5376
ポリマ－40,9011
非ポリマー6375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
E: Gibberellin receptor GID1
F: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,04611
ポリマ－81,8012
非ポリマー1,2449
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area22770 Å2
手法PISA, PQS
8
A: Gibberellin receptor GID1
B: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,23214
ポリマ－81,8012
非ポリマー1,43012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA, PQS
9
C: Gibberellin receptor GID1
D: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,13713
ポリマ－81,8012
非ポリマー1,33511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.760, 133.895, 118.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Gibberellin receptor GID1 / Gibberellin-insensitive dwarf protein 1 / Protein GIBBERELLIN INSENSITIVE DWARF1


分子量: 40900.699 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: GID1, Os05g0407500, LOC_Os05g33730, OJ1657_H11.10, P0040B10.6
プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(de3)plys / 参照: UniProt: Q6L545, 加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 1165分子

#2: 化合物
ChemComp-GA4 / GIBBERELLIN A4 / ジベレリンA4 / ジベレリン


分子量: 332.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O5 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 % / Mosaicity: 0.286 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG4000, 8% MPD, 0.2M NaNO3, 0.1M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ASDC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 193933 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.852 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.40.597182310.828192.8
1.97-2.053.50.388189920.812197.5
2.05-2.143.50.284194220.837199.2
2.14-2.253.60.202194670.805199.4
2.25-2.393.60.148195370.856199.7
2.39-2.583.70.106195910.856199.8
2.58-2.843.70.072195920.824199.9
2.84-3.253.80.046196260.8491100
3.25-4.093.80.031196740.892199.9
4.09-503.70.026198010.944199.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.235 / WRfactor Rwork: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.809 / SU B: 3.718 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / SU Rfree: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24369 9761 5 %RANDOM
Rwork0.20044 ---
obs0.2026 183960 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.44 Å2 / Biso mean: 34.444 Å2 / Biso min: 13.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-2.53 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14549 0 274 1133 15956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02115244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.95820780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.00651861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.68222.656719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.117152222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.97315126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.22262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.27195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.210336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9281.59551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.569214912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21136437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1884.55868
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 662 -
Rwork0.278 12485 -
all-13147 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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