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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eb6 | ||||||
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タイトル | Structure of the cIAP2 RING domain bound to UbcH5b | ||||||
要素 |
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キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / LIGASE (リガーゼ) / RING domain / E2 / Metal-binding / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / Ubl conjugation pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of RIG-I signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of necroptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / ユビキチン結合酵素 / RIPK1-mediated regulated necrosis ...regulation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of RIG-I signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of necroptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / ユビキチン結合酵素 / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / ubiquitin conjugating enzyme activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / NOD1/2 Signaling Pathway / Regulation of necroptotic cell death / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of inflammatory response / transferase activity / 精子形成 / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / apoptotic process / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Mace, P.D. / Linke, K. / Schumacher, F.-R. / Smith, C.A. / Day, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structures of the cIAP2 RING Domain Reveal Conformational Changes Associated with Ubiquitin-conjugating Enzyme (E2) Recruitment. 著者: Mace, P.D. / Linke, K. / Feltham, R. / Schumacher, F.R. / Smith, C.A. / Vaux, D.L. / Silke, J. / Day, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eb6.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eb6.ent.gz | 40.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eb6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/3eb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/3eb6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8238.674 Da / 分子数: 1 / 断片: RING domain (RESIDUES 536 TO 604) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC3, API2, IAP1, MIHC, RNF49 / プラスミド: pGex6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13489 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16899.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: ube2d2, ubc4 / プラスミド: pGex6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62840, ユビキチンリガーゼ |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 3.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.401→58.521 Å / Num. all: 8950 / Num. obs: 8512 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 7.331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.01 / Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.4→58.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 48.459 / SU ML: 0.362 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.959 / ESU R Free: 0.494 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.11 Å2 / Biso mean: 102.875 Å2 / Biso min: 73.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→58.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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