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- PDB-2eb1: Crystal Structure of the C-Terminal RNase III Domain of Human Dicer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eb1
タイトルCrystal Structure of the C-Terminal RNase III Domain of Human Dicer
要素Endoribonuclease Dicer
キーワードHYDROLASE / RNA-BINDING / NUCLEASE / ENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral nervous system myelin formation / pre-miRNA binding / global gene silencing by mRNA cleavage / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / apoptotic DNA fragmentation / tRNA decay / positive regulation of myelination / ribonuclease III ...peripheral nervous system myelin formation / pre-miRNA binding / global gene silencing by mRNA cleavage / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / apoptotic DNA fragmentation / tRNA decay / positive regulation of myelination / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / nerve development / positive regulation of Schwann cell differentiation / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / RISC complex assembly / miRNA processing / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA endonuclease activity / neuron projection morphogenesis / helicase activity / double-stranded RNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Takeshita, D. / Zenno, S. / Lee, W.C. / Nagata, K. / Saigo, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Homodimeric Structure and Double-stranded RNA Cleavage Activity of the C-terminal RNase III Domain of Human Dicer
著者: Takeshita, D. / Zenno, S. / Lee, W.C. / Nagata, K. / Saigo, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2007年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease Dicer
B: Endoribonuclease Dicer
C: Endoribonuclease Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0569
ポリマ－70,9103
非ポリマー1466
水3,459192
1
A: Endoribonuclease Dicer
C: Endoribonuclease Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3716
ポリマ－47,2732
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Endoribonuclease Dicer
ヘテロ分子

B: Endoribonuclease Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3716
ポリマ－47,2732
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.602, 199.743, 119.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease Dicer / Ribonuclease III / Helicase with RNase motif / Helicase-MOI


分子量: 23636.658 Da / 分子数: 3 / 断片: C-TERMINAL RNASE III DOMAIN, RNase III 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPY3, ribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.04 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0M ammonium sulfate, 0.1M TRIS-HCL, 0.01M MGCL2, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 72223

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JFZ

1jfz


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3627 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 68021 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4206 0 6 192 4404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.945849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.57638821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3615504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.3996
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2780.33711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1020.51980
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.5312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1580.85
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.37
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.343
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7961.52545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.73124109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02631776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9714.51740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.313 285
Rwork0.294 4994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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