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- PDB-4auk: Crystal structure of C2498 2'-O-ribose methyltransferase RlmM fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4auk
タイトルCrystal structure of C2498 2'-O-ribose methyltransferase RlmM from Escherichia coli
要素RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE M
キーワードTRANSFERASE / YGDE
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (cytidine2498-2'-O)-methyltransferase / rRNA (cytosine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA processing / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
THUMP fold - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2810 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase M / RlmM ferredoxin-like domain / : / RlmM ferredoxin-like domain / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase M, N-terminal / THUMP fold / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase ...THUMP fold - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2810 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase M / RlmM ferredoxin-like domain / : / RlmM ferredoxin-like domain / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase M, N-terminal / THUMP fold / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / L(+)-TARTARIC ACID / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase M
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Punekar, A.S. / Shepherd, T.R. / Liljeruhm, J. / Forster, A.C. / Selmer, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Rlmm, the 2'O-Ribose Methyltransferase for C2498 of Escherichia Coli 23S Rrna.
著者: Punekar, A.S. / Shepherd, T.R. / Liljeruhm, J. / Forster, A.C. / Selmer, M.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32012年11月14日Group: Database references
改定 1.42018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE M
B: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,67932
ポリマ－86,2492
非ポリマー2,43130
水9,944552
1
A: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,81421
ポリマ－43,1241
非ポリマー1,69020
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,86511
ポリマ－43,1241
非ポリマー74110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.800, 132.800, 41.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2589, 0.9659, 0.0092), (0.9659, -0.2588, -0.0098), (-0.0071, 0.0114, -0.9999)
ベクター: 61.4002, -79.7765, 0.6797)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE M / 23S RRNA (CYTIDINE2498-2'-O)-METHYLTRANSFERASE / 23S RRNA 2'-O-RIBOSE METHYLTRANSFERASE RLMM


分子量: 43124.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0ADR6, 23S rRNA (cytidine2498-2'-O)-methyltransferase

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非ポリマー , 8種, 582分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CATALYZES THE 2'-O-METHYLATION AT NUCLEOTIDE C2498 IN 23S RRNA OF ESCHERICHIA COLI
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.3 M AMMONIUM TARTRATE DIBASIC PH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR, CURVED TO FOCUS IN THE VERTICAL
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20.1 Å / Num. obs: 64264 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 18.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.72
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.57 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.42 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ATN

4atn


解像度: 1.9→20.118 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 3212 5 %
Rwork0.1639 --
obs0.1661 64264 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.638 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0297 Å20 Å20 Å2
2--0.0297 Å20 Å2
3----0.0594 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5743 0 157 552 6452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0166096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5678221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2832293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9003-1.92860.40511310.33072517X-RAY DIFFRACTION95
1.9286-1.95870.28391420.21472685X-RAY DIFFRACTION100
1.9587-1.99080.2591390.19132639X-RAY DIFFRACTION100
1.9908-2.02510.21791380.17292628X-RAY DIFFRACTION100
2.0251-2.06190.2251410.17232688X-RAY DIFFRACTION100
2.0619-2.10150.24071400.1742659X-RAY DIFFRACTION100
2.1015-2.14440.22171420.16692692X-RAY DIFFRACTION100
2.1444-2.19090.22331380.16092629X-RAY DIFFRACTION100
2.1909-2.24180.23921410.16252665X-RAY DIFFRACTION100
2.2418-2.29780.23371390.15792655X-RAY DIFFRACTION100
2.2978-2.35990.20551410.16652677X-RAY DIFFRACTION100
2.3599-2.42920.21561400.16722650X-RAY DIFFRACTION100
2.4292-2.50740.22761390.17362643X-RAY DIFFRACTION100
2.5074-2.59690.22241420.17112696X-RAY DIFFRACTION100
2.5969-2.70060.21621380.17412633X-RAY DIFFRACTION100
2.7006-2.82320.241400.17562650X-RAY DIFFRACTION100
2.8232-2.97160.20111410.17562690X-RAY DIFFRACTION100
2.9716-3.15720.21161410.16512672X-RAY DIFFRACTION100
3.1572-3.39980.17621400.15792665X-RAY DIFFRACTION100
3.3998-3.740.2111400.15152647X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.27670.17191390.13612640X-RAY DIFFRACTION100
4.2767-5.37110.14721400.12912670X-RAY DIFFRACTION100
5.3711-20.11930.16551400.15832662X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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