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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d5i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribonuclease Sa2 with exo-2',3'-cyclophosphorotioate | ||||||
要素 | Ribonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ribonuclease / mononucleotide / protein-mononucleotide complex / exo-2' / 3'-cyclophosphorotioate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces aureofaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bauerova-Hlinkova, V. / Sevcik, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2009 タイトル: Structure of RNase Sa2 complexes with mononucleotides - new aspects of catalytic reaction and substrate recognition 著者: Bauerova-Hlinkova, V. / Dvorsky, R. / Perecko, D. / Povazanec, F. / Sevcik, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d5i.cif.gz | 74.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d5i.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3d5i_validation.pdf.gz | 826.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3d5i_full_validation.pdf.gz | 830.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3d5i_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3d5i_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/3d5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/3d5i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10909.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pEH200 was derived from pKK223-3 由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア) 株: R8/26 / プラスミド: pEH200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NovaBlue / 参照: UniProt: Q53752, EC: 3.1.4.8 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SGP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: ammonium sulfate, phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年11月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 19754 / Num. obs: 19754 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 579 / % possible all: 65.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1py3 解像度: 2.2→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 11.228 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.761 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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