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万見
- PDB-3d2u: Structure of UL18, a Peptide-Binding Viral MHC Mimic, Bound to a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2u
タイトルStructure of UL18, a Peptide-Binding Viral MHC Mimic, Bound to a Host Inhibitory Receptor
要素
  • Actinアクチン
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
  • UL18 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC class I homolog / Disease mutation / Glycation (糖化反応) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immune response (免疫応答) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / MHC I / Pyrrolidone carboxylic acid (ピログルタミン酸) / Secreted (分泌) / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


evasion by virus of host natural killer cell activity / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / MHC class Ib protein binding / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway ...evasion by virus of host natural killer cell activity / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / MHC class Ib protein binding / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of mononuclear cell proliferation / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of norepinephrine uptake / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class I receptor activity / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / cellular response to cytochalasin B / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of alpha-beta T cell activation / bBAF complex / negative regulation of serotonin secretion / negative regulation of cytokine production involved in immune response / npBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of transepithelial transport / brahma complex / nBAF complex / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / dendritic cell differentiation / morphogenesis of a polarized epithelium / GBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / protein localization to adherens junction / protein phosphatase 1 binding / Formation of annular gap junctions / regulation of G0 to G1 transition / dense body / Gap junction degradation / Tat protein binding / negative regulation of osteoclast development / Cell-extracellular matrix interactions / Folding of actin by CCT/TriC / regulation of double-strand break repair / negative regulation of interleukin-12 production / regulation of nucleotide-excision repair / negative regulation of endocytosis / RSC-type complex / apical protein localization / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / adherens junction assembly / RHOF GTPase cycle / Adherens junctions interactions / 密着結合 / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / SWI/SNF complex / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / regulation of norepinephrine uptake / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of macrophage cytokine production / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / apical junction complex / establishment or maintenance of cell polarity / maintenance of blood-brain barrier / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cortical cytoskeleton / nitric-oxide synthase binding / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Recycling pathway of L1 / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / 刷子縁 / kinesin binding / ヘルト萼状シナプス / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / host cell membrane / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of myoblast differentiation / MHC class I protein binding / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family ...免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / alpha-L-fucopyranose / alpha-D-mannopyranose / Glycoprotein UL18 / Actin, cytoplasmic 1 / Β2-ミクログロブリン / Membrane glycoprotein UL18 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Yang, Z. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structure of UL18, a peptide-binding viral MHC mimic, bound to a host inhibitory receptor
著者: Yang, Z. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / refine / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _entity.pdbx_mutation ..._chem_comp.type / _entity.pdbx_mutation / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月20日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UL18 protein
B: Beta-2-microglobulin
D: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
E: UL18 protein
F: Beta-2-microglobulin
H: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
G: Actin
C: Actin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,34824
ポリマ－132,9488
非ポリマー3,40016
水6,521362
1
A: UL18 protein
B: Beta-2-microglobulin
D: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
C: Actin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,54714
ポリマ－66,4744
非ポリマー2,07310
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
2
E: UL18 protein
F: Beta-2-microglobulin
H: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
G: Actin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,80110
ポリマ－66,4744
非ポリマー1,3276
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area28090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.366, 98.110, 172.147
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 BFDH

#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: beta2m / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / LIR-1 / Immunoglobulin- like transcript 2 / ILT-2 / ...Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / LIR-1 / Immunoglobulin- like transcript 2 / ILT-2 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 7 / MIR-7 / CD85j antigen


分子量: 22055.697 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like C2-type 1 and C2-type 2 domains / 由来タイプ: 天然 / 詳細: LIR-1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NHL6

-
抗体 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 366分子 AEGC

#1: 抗体 UL18 protein


分子量: 31664.994 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 21-301 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene UL18
由来: (天然) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 参照: UniProt: Q4A1U8, UniProt: P08560*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド Actin / アクチン


分子量: 1005.257 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 170-178 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60709
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 16分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.4 M Mg(NO3)2, and 16~22% (w/v) PEG 33500, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月30日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 85873 / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 7747 / % possible all: 89.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1P7Q

1p7q


解像度: 2.21→47.46 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 4149 -RANDOM
Rwork0.241 ---
obs-85873 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.508 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.031 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9089 0 230 362 9681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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