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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cqy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a functionally unknown protein (SO_1313) from Shewanella oneidensis MR-1 | ||||||
要素 | Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / APC7501 / SO_1313 / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Shewanella oneidensis MR-1 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / kinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure of a functionally unknown protein (SO_1313) from Shewanella oneidensis MR-1. 著者: Tan, K. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cqy.cif.gz | 155.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cqy.ent.gz | 129.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. BASED ON THE CRYSTAL STRUCTURE, IT IS LIKELY MONOMERIC |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40185.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: NP_716933, anmK, SO_1313 / プラスミド: p15Tv Lic / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q8EHB5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.24 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3.5M Na formate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月24日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→47.78 Å / Num. all: 58423 / Num. obs: 58423 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 29.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3809 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 9.015 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.465 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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