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万見
- PDB-3cjz: Effects of N2,N2-dimethylguanosine on RNA structure and stability... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cjz
タイトルEffects of N2,N2-dimethylguanosine on RNA structure and stability: crystal structure of an RNA duplex with tandem m22G:A pairs
要素RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*GP*(M2G)P*AP*CP*GP*UP*CP*CP*U)-3')
キーワードRNA (リボ核酸) / N2 / N2-dimethyl guanosine / X-ray crystal structure (X線回折) / m22G:A pair / rRNA (リボソームRNA) / tRNA (転移RNA)
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Kreutz, C. / Bosio, S. / Micura, R. / Egli, M.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2008
タイトル: Effects of N2,N2-dimethylguanosine on RNA structure and stability: crystal structure of an RNA duplex with tandem m2 2G:A pairs.
著者: Pallan, P.S. / Kreutz, C. / Bosio, S. / Micura, R. / Egli, M.
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月22日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 ..._ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*GP*(M2G)P*AP*CP*GP*UP*CP*CP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*GP*(M2G)P*AP*CP*GP*UP*CP*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4012
ポリマ－8,4012
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.118, 25.970, 45.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-171-

HOH

21B-243-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*GP*(M2G)P*AP*CP*GP*UP*CP*CP*U)-3')


分子量: 4200.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2ul droplets containing 0.5mM oligonucleotide, 5% 2-methyl -2,4-pentanediol (MPD), 20mM sodium cacodylate, pH 7.0, 6mM spermine-4HCl, 40mM sodium chloride that were equilibrated against a ...詳細: 2ul droplets containing 0.5mM oligonucleotide, 5% 2-methyl -2,4-pentanediol (MPD), 20mM sodium cacodylate, pH 7.0, 6mM spermine-4HCl, 40mM sodium chloride that were equilibrated against a reservoir of 1ml of 35% MPD., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
15% MPD11
2sodium cacodylate11
3spermine-4HCl11
4sodium chloride塩化ナトリウム11
535% MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.99 Å / Num. all: 6420 / Num. obs: 6027 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3539 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 661 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ収集
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
MOLREP(CCP4)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A cononical A-RNA dodecamer generated with the program TURBO-FRODO omitting U13 and U26.

解像度: 1.8→44.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.576 / SU ML: 0.135 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.21
立体化学のターゲット値: Standard Refmac parameters and the parameters generated by PRODRG (Schuettelkopf, A. W. and van Aalten, D.M.F. 2004. PRODRG: a tool for high-throughput ...立体化学のターゲット値: Standard Refmac parameters and the parameters generated by PRODRG (Schuettelkopf, A. W. and van Aalten, D.M.F. 2004. PRODRG: a tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 60: 1355-1363.) for the residue M2G.
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27742 582 10.8 %RANDOM
Rwork0.19005 ---
obs0.19938 4816 84.12 %-
all-6420 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.807 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.88 Å20 Å20.63 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 556 0 115 671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3563.007948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1243576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1080.276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2360.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0750.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0840.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2120.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5823931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9934.5948
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 25 -
Rwork0.209 235 -
obs-235 56.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1389 Å / Origin y: -1.8722 Å / Origin z: 10.7909 Å
111213212223313233
T-0.0232 Å20.0022 Å20.0009 Å2--0.0549 Å2-0.0114 Å2---0.0589 Å2
L2.0857 °2-0.3434 °20.2795 °2-0.2961 °2-0.2948 °2--0.6885 °2
S-0.0909 Å °0.0157 Å °-0.0475 Å °0.0225 Å °0.0412 Å °-0.0166 Å °-0.0058 Å °0.0232 Å °0.0496 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 131 - 13
2X-RAY DIFFRACTION1BB14 - 261 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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