PDB-3cfj: Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cfj

タイトル

Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form

要素

CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion
CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

IMMUNOGLOBULIN (抗体) /

CATALYTIC ANTIBODY (抗体酵素) / CHIMERIC FAB / APO FORM /

PROTON TRANSFER /

CONFORMATIONAL CHANGE (コンフォメーション変化) /

Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Immunoglobulin V region

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / extracellular region /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Debler, E.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Conformational isomerism can limit antibody catalysis.
著者: Debler, E.W. / Muller, R. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2008年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年7月19日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.details / _entity.pdbx_description
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cfj.cif.gz	347.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cfj.ent.gz	282.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cfkC 1y0lS 1y18 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c6x-1 6n16-3 6c6x-2 5i1i-d 5dsc-1 6dwa-1 6pe7-d 3cfk-5 5b6f-4 6bhz-1 1bfo-1 6kdi-d 6ute-2 1mam-d 4x7t-2 1ct8-2 1y0l-2 5ifa-d 6tcp-3 6z3k-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

H: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

A: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

B: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

C: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

D: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

E: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

F: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

ヘテロ分子

192 kDa, 8 ポリマー
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1

L: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

H: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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2

A: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

B: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

ヘテロ分子

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48.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

D: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
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4

E: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion

F: CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.137, 114.471, 212.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	SER	SER	L	A	2 - 25	2 - 24
2	1	LEU	LEU	SER	SER	A	C	2 - 25	2 - 24
3	1	LEU	LEU	SER	SER	C	E	2 - 25	2 - 24
4	1	LEU	LEU	SER	SER	E	G	2 - 25	2 - 24
1	2	SER	SER	THR	THR	L	A	27 - 80	26 - 82
2	2	SER	SER	THR	THR	A	C	27 - 80	26 - 82
3	2	SER	SER	THR	THR	C	E	27 - 80	26 - 82
4	2	SER	SER	THR	THR	E	G	27 - 80	26 - 82
1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	L	A	96 - 107	98 - 109
2	3	LEU	LEU	LYS	LYS	A	C	96 - 107	98 - 109
3	3	LEU	LEU	LYS	LYS	C	E	96 - 107	98 - 109
4	3	LEU	LEU	LYS	LYS	E	G	96 - 107	98 - 109
1	4	ARG	ARG	ARG	ARG	L	A	108 - 211	110 - 213
2	4	ARG	ARG	ARG	ARG	A	C	108 - 211	110 - 213
3	4	ARG	ARG	ARG	ARG	C	E	108 - 211	110 - 213
4	4	ARG	ARG	ARG	ARG	E	G	108 - 211	110 - 213
1	5	VAL	VAL	MET	MET	H	B	2 - 60	2 - 61
2	5	VAL	VAL	MET	MET	B	D	2 - 60	2 - 61
3	5	VAL	VAL	MET	MET	D	F	2 - 60	2 - 61
4	5	VAL	VAL	MET	MET	F	H	2 - 60	2 - 61
1	6	ASP	ASP	CYS	CYS	L	A	82 - 88	84 - 90
2	6	ASP	ASP	CYS	CYS	A	C	82 - 88	84 - 90
3	6	ASP	ASP	CYS	CYS	C	E	82 - 88	84 - 90
4	6	ASP	ASP	CYS	CYS	E	G	82 - 88	84 - 90
1	7	PHE	PHE	ASP	ASP	H	B	67 - 96	68 - 100
2	7	PHE	PHE	ASP	ASP	B	D	67 - 96	68 - 100
3	7	PHE	PHE	ASP	ASP	D	F	67 - 96	68 - 100
4	7	PHE	PHE	ASP	ASP	F	H	67 - 96	68 - 100
1	8	TYR	TYR	SER	SER	H	B	102 - 113	112 - 123
2	8	TYR	TYR	SER	SER	B	D	102 - 113	112 - 123
3	8	TYR	TYR	SER	SER	D	F	102 - 113	112 - 123
4	8	TYR	TYR	SER	SER	F	H	102 - 113	112 - 123
1	9	ALA	ALA	PRO	PRO	H	B	114 - 227	124 - 223
2	9	ALA	ALA	PRO	PRO	B	D	114 - 227	124 - 223
3	9	ALA	ALA	PRO	PRO	D	F	114 - 227	124 - 223
4	9	ALA	ALA	PRO	PRO	F	H	114 - 227	124 - 223
1	10	PRO	PRO	LYS	LYS	H	B	61 - 66	62 - 67
2	10	PRO	PRO	LYS	LYS	D	F	61 - 66	62 - 67
1	11	PRO	PRO	LYS	LYS	B	D	61 - 66	62 - 67
2	11	PRO	PRO	LYS	LYS	F	H	61 - 66	62 - 67

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

#1: 抗体	CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 LIGHT CHAIN fusion 分子量: 23258.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: FUSION PROTEIN OF THE VARIABLE DOMAIN from mouse (RESIDUES 1-107) AND THE CONSTANT DOMAIN from human (UNP RESIDUES 131-239) 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) プラスミド: P4XH-M13 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2 / 参照: UniProt: Q8TCD0
#2: 抗体	CATALYTIC ANTIBODY FAB 34E4 HEAVY CHAIN fusion 分子量: 24701.814 Da / 分子数: 4 / Mutation: H108S / 由来タイプ: 組換発現詳細: FUSION PROTEIN OF THE VARIABLE DOMAIN from mouse(RESIDUES 1-113) AND THE CONSTANT DOMAIN from human (UNP RESIDUES 133-246) 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) プラスミド: P4XH-M13 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2 / 参照: UniProt: A8K008, UniProt: Q6N089*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化	pH: 4.6 詳細: 30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.03319
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月28日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 63551 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 51.4 Å² / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.628 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y0L

1y0l

解像度: 2.6→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 22.59 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.22 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	3094	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.202	58339	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13377	0	33	518	13928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	13731
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.959	18690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.311	5	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.31	24.23	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.889	15	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.933	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	9182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	636
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.937	1.5	8915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.069	2	14107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.093	3	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.111	4.5	4583
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	L	92	tight positional	0.05	0.05
1	2	A	92	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	92	tight positional	0.04	0.05
1	4	E	92	tight positional	0.05	0.05
2	1	L	220	tight positional	0.04	0.05
2	2	A	220	tight positional	0.04	0.05
2	3	C	220	tight positional	0.04	0.05
2	4	E	220	tight positional	0.04	0.05
3	1	L	48	tight positional	0.05	0.05
3	2	A	48	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	48	tight positional	0.05	0.05
3	4	E	48	tight positional	0.04	0.05
4	1	L	416	tight positional	0.06	0.05
4	2	A	416	tight positional	0.04	0.05
4	3	C	416	tight positional	0.04	0.05
4	4	E	416	tight positional	0.05	0.05
5	1	H	240	tight positional	0.05	0.05
5	2	B	240	tight positional	0.04	0.05
5	3	D	240	tight positional	0.04	0.05
5	4	F	240	tight positional	0.05	0.05
6	1	L	36	tight positional	0.05	0.05
6	2	A	36	tight positional	0.03	0.05
6	3	C	36	tight positional	0.04	0.05
6	4	E	36	tight positional	0.04	0.05
7	1	H	132	tight positional	0.04	0.05
7	2	B	132	tight positional	0.04	0.05
7	3	D	132	tight positional	0.04	0.05
7	4	F	132	tight positional	0.04	0.05
8	1	H	48	tight positional	0.04	0.05
8	2	B	48	tight positional	0.05	0.05
8	3	D	48	tight positional	0.05	0.05
8	4	F	48	tight positional	0.04	0.05
9	1	H	400	tight positional	0.05	0.05
9	2	B	400	tight positional	0.05	0.05
9	3	D	400	tight positional	0.04	0.05
9	4	F	400	tight positional	0.05	0.05
10	1	H	24	tight positional	0.03	0.05
11	1	B	24	tight positional	0.05	0.05
1	1	L	73	loose positional	0.39	5
1	2	A	73	loose positional	0.21	5
1	3	C	73	loose positional	0.27	5
1	4	E	73	loose positional	0.32	5
2	1	L	183	loose positional	0.5	5
2	2	A	183	loose positional	0.4	5
2	3	C	183	loose positional	0.44	5
2	4	E	183	loose positional	0.51	5
3	1	L	40	loose positional	0.42	5
3	2	A	40	loose positional	0.34	5
3	3	C	40	loose positional	0.34	5
3	4	E	40	loose positional	0.4	5
4	1	L	391	loose positional	0.55	5
4	2	A	391	loose positional	0.49	5
4	3	C	391	loose positional	0.49	5
4	4	E	391	loose positional	0.57	5
5	1	H	225	loose positional	0.53	5
5	2	B	225	loose positional	0.67	5
5	3	D	225	loose positional	0.41	5
5	4	F	225	loose positional	0.57	5
6	1	L	36	loose positional	0.68	5
6	2	A	36	loose positional	0.64	5
6	3	C	36	loose positional	0.33	5
6	4	E	36	loose positional	0.33	5
7	1	H	143	loose positional	0.46	5
7	2	B	143	loose positional	0.51	5
7	3	D	143	loose positional	0.48	5
7	4	F	143	loose positional	0.73	5
8	1	H	41	loose positional	0.5	5
8	2	B	41	loose positional	0.55	5
8	3	D	41	loose positional	0.53	5
8	4	F	41	loose positional	0.66	5
9	1	H	321	loose positional	0.45	5
9	2	B	321	loose positional	0.46	5
9	3	D	321	loose positional	0.47	5
9	4	F	321	loose positional	0.49	5
10	1	H	23	loose positional	0.37	5
11	1	B	23	loose positional	0.79	5
1	1	L	92	tight thermal	0.16	0.5
1	2	A	92	tight thermal	0.11	0.5
1	3	C	92	tight thermal	0.12	0.5
1	4	E	92	tight thermal	0.12	0.5
2	1	L	220	tight thermal	0.13	0.5
2	2	A	220	tight thermal	0.12	0.5
2	3	C	220	tight thermal	0.11	0.5
2	4	E	220	tight thermal	0.1	0.5
3	1	L	48	tight thermal	0.15	0.5
3	2	A	48	tight thermal	0.13	0.5
3	3	C	48	tight thermal	0.11	0.5
3	4	E	48	tight thermal	0.11	0.5
4	1	L	416	tight thermal	0.12	0.5
4	2	A	416	tight thermal	0.11	0.5
4	3	C	416	tight thermal	0.1	0.5
4	4	E	416	tight thermal	0.09	0.5
5	1	H	240	tight thermal	0.1	0.5
5	2	B	240	tight thermal	0.09	0.5
5	3	D	240	tight thermal	0.11	0.5
5	4	F	240	tight thermal	0.09	0.5
6	1	L	36	tight thermal	0.08	0.5
6	2	A	36	tight thermal	0.09	0.5
6	3	C	36	tight thermal	0.14	0.5
6	4	E	36	tight thermal	0.1	0.5
7	1	H	132	tight thermal	0.1	0.5
7	2	B	132	tight thermal	0.11	0.5
7	3	D	132	tight thermal	0.11	0.5
7	4	F	132	tight thermal	0.1	0.5
8	1	H	48	tight thermal	0.1	0.5
8	2	B	48	tight thermal	0.1	0.5
8	3	D	48	tight thermal	0.1	0.5
8	4	F	48	tight thermal	0.09	0.5
9	1	H	400	tight thermal	0.11	0.5
9	2	B	400	tight thermal	0.11	0.5
9	3	D	400	tight thermal	0.09	0.5
9	4	F	400	tight thermal	0.09	0.5
10	1	H	24	tight thermal	0.14	0.5
11	1	B	24	tight thermal	0.07	0.5
1	1	L	73	loose thermal	1.85	10
1	2	A	73	loose thermal	1.04	10
1	3	C	73	loose thermal	0.94	10
1	4	E	73	loose thermal	1.76	10
2	1	L	183	loose thermal	1.56	10
2	2	A	183	loose thermal	1.13	10
2	3	C	183	loose thermal	1.35	10
2	4	E	183	loose thermal	1.44	10
3	1	L	40	loose thermal	1.77	10
3	2	A	40	loose thermal	1.76	10
3	3	C	40	loose thermal	2.27	10
3	4	E	40	loose thermal	1.41	10
4	1	L	391	loose thermal	1.59	10
4	2	A	391	loose thermal	1.4	10
4	3	C	391	loose thermal	1.21	10
4	4	E	391	loose thermal	1.38	10
5	1	H	225	loose thermal	1.91	10
5	2	B	225	loose thermal	1.74	10
5	3	D	225	loose thermal	1.34	10
5	4	F	225	loose thermal	1.84	10
6	1	L	36	loose thermal	1.08	10
6	2	A	36	loose thermal	1.68	10
6	3	C	36	loose thermal	2	10
6	4	E	36	loose thermal	2.04	10
7	1	H	143	loose thermal	2.07	10
7	2	B	143	loose thermal	1.84	10
7	3	D	143	loose thermal	1.59	10
7	4	F	143	loose thermal	1.51	10
8	1	H	41	loose thermal	1.23	10
8	2	B	41	loose thermal	1.18	10
8	3	D	41	loose thermal	1.36	10
8	4	F	41	loose thermal	2.28	10
9	1	H	321	loose thermal	1.27	10
9	2	B	321	loose thermal	1.02	10
9	3	D	321	loose thermal	1.14	10
9	4	F	321	loose thermal	1.35	10
10	1	H	23	loose thermal	0.91	10
11	1	B	23	loose thermal	0.6	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	247	-
R_work	0.295	4225	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9082	-0.248	0.5241	2.4644	-0.0082	3.1423	-0.1083	0.1427	0.1746	0.023	0.0002	-0.1436	-0.0832	0.046	0.1081	-0.1329	-0.0071	0.0009	-0.2755	0.0204	-0.2047	33.4882	-11.5279	4.7275
2	3.2889	0.6615	-0.3466	1.8841	0.9171	4.6836	-0.2298	0.2298	-0.2477	-0.352	0.0918	0.0527	0.136	0.0292	0.138	-0.0962	-0.0233	0.0205	-0.2739	0.0039	-0.1739	13.9472	-26.8867	-21.5006
3	3.4645	-0.304	-0.0957	4.2486	1.2663	4.0385	0.0069	0.0995	0.2891	0.1161	-0.0432	-0.1509	0.0259	0.0523	0.0363	-0.2106	-0.0288	0.0178	-0.168	0.0591	-0.0783	46.1715	-3.6536	-10.3702
4	6.9873	-0.6259	-1.5035	1.353	0.3712	2.8653	-0.0283	0.4035	0.3441	-0.1249	0.0816	0.0867	-0.1314	-0.1071	-0.0532	-0.0696	-0.0284	0.017	-0.2114	0.0127	-0.1101	19.6173	-13.1866	-26.7923
5	3.6239	1.1097	0.0839	3.1734	0.2055	5.4898	0.0407	-0.2872	-0.1267	0.0399	-0.1701	-0.0199	0.1469	-0.1334	0.1294	-0.1701	-0.0085	-0.0001	-0.1534	-0.0089	-0.2214	24.0456	-17.3321	25.3977
6	3.4248	1.2227	3.2979	2.2418	0.1224	8.3763	0.0534	-0.2118	-0.1052	-0.0594	0.0312	-0.3009	-0.0491	0.4235	-0.0846	-0.1987	-0.0515	0.0208	0.0289	-0.0354	-0.0989	45.526	-4.2992	51.0891
7	3.344	0.424	1.3303	3.2914	-0.107	5.1616	0.1831	0.2698	-0.2148	0.2106	-0.2394	-0.0468	0.095	0.1216	0.0563	-0.0336	-0.1769	0.0221	0.0831	-0.0326	-0.1476	11.8322	-24.8784	40.7677
8	2.4636	1.1748	0.298	7.2289	-0.2653	3.7396	0.1875	-0.3443	0.4181	0.1772	-0.2603	0.1263	-0.1249	-0.0652	0.0728	-0.2049	-0.0557	0.0036	0.0691	-0.0619	-0.0961	30.7549	-3.2883	56.3287
9	4.0521	0.8654	-0.4439	3.847	0.5793	4.4073	-0.0681	0.0421	0.049	0.0768	-0.2016	0.1513	0.0265	-0.0087	0.2697	-0.0871	0.0123	0.021	-0.2034	-0.0128	-0.1796	6.3544	11.3189	3.9707
10	4.3729	0.7739	-0.0061	1.9798	-0.8508	6.9049	-0.0906	0.1305	0.3002	-0.3937	0.001	-0.184	-0.528	0.0944	0.0896	0.0305	-0.0254	0.0238	-0.2761	0.0105	-0.026	27.7083	26.4497	-20.8775
11	3.5578	0.5974	-0.1951	4.4083	-1.256	4.282	0.0509	-0.0072	0.1015	0.0472	-0.1434	0.3092	-0.0759	-0.3034	0.0925	-0.1861	0.0433	-0.0048	-0.0921	-0.0572	-0.0844	-4.8433	3.2489	-12.1706
12	9.8486	-1.3035	1.4393	1.5536	-0.3249	3.4009	-0.1351	0.5633	-0.4375	-0.1877	0.088	-0.2437	-0.1174	0.1589	0.0471	0.0451	-0.0371	0.0255	-0.2237	-0.0133	0.0161	22.9465	12.5424	-26.3948
13	3.3798	0.9687	0.1763	3.5199	0.3466	5.3396	0.093	-0.1899	-0.165	0.0721	-0.345	0.0864	0.0846	-0.2198	0.252	-0.0635	-0.0346	0.0144	-0.0095	-0.0204	-0.1599	26.6044	-17.1801	-80.742
14	2.9525	0.9756	2.5198	2.6211	-0.1069	6.0096	-0.0112	-0.2228	-0.0124	-0.2161	0.0951	-0.2557	-0.062	0.4202	-0.0839	-0.182	-0.0463	0.0284	0.1276	-0.0233	-0.1039	49.234	-3.4249	-56.0486
15	3.4846	0.2317	1.1683	2.5302	0.4278	4.6245	-0.1085	0.4523	-0.3689	0.2991	-0.2303	0.4865	0.3804	-0.2377	0.3389	0.132	-0.1942	0.1264	0.2327	-0.1142	0.0632	15.5281	-25.2102	-64.5471
16	1.8154	1.102	-0.164	6.5755	-0.7975	3.4709	0.0039	-0.1636	0.3153	0.0889	-0.0083	0.2335	-0.2703	0.115	0.0044	-0.1847	-0.0593	-0.0207	0.0801	0.0225	-0.0421	34.8636	-3.5149	-49.8813

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	A	1 - 107	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	A	108 - 213	110 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	B	1 - 113	1 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	B	114 - 228	124 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	C	1 - 107	1 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	C	108 - 213	110 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	D	1 - 113	1 - 123
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	D	114 - 228	124 - 224
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	E	1 - 107	1 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	E	108 - 213	110 - 215
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	F	1 - 113	1 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	F	114 - 228	124 - 224
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	G	1 - 107	1 - 109
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	G	108 - 213	110 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	H	1 - 113	1 - 123
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	H	114 - 228	124 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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