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- PDB-3cau: D7対称(7回x2回対称)処理した 低温電子顕微鏡による GroEL(シャペロニン)の4.2Å分解能の構造 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3cau
タイトルD7 symmetrized structure of unliganded GroEL at 4.2 Angstrom resolution by cryoEM
構成要素60 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / GroEL / ATP-binding / Cell cycle (細胞周期) / Cell division (細胞分裂) / Chaperone / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性Chaperonin Cpn60, conserved site / GroEL-like equatorial domain superfamily / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/TCP-1 family / Chaperonin Cpn60 / TCP-1/cpn60 chaperonin family / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / GroEL-GroES complex / 'de novo' protein folding ...Chaperonin Cpn60, conserved site / GroEL-like equatorial domain superfamily / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/TCP-1 family / Chaperonin Cpn60 / TCP-1/cpn60 chaperonin family / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / GroEL-GroES complex / 'de novo' protein folding / chaperone cofactor-dependent protein refolding / virion assembly / フォールディング / response to radiation / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / ATPase activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / magnesium ion binding / 生体膜 / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 60 kDa chaperonin
機能・相同性情報
試料の由来Escherichia coli (大腸菌)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.2 Å 分解能
データ登録者Ludtke, S.J. / Baker, M.L. / Chen, D.H. / Song, J.L. / Chuang, D. / Chiu, W.
引用ジャーナル: Structure / : 2008
タイトル: De novo backbone trace of GroEL from single particle electron cryomicroscopy.
著者: Steven J Ludtke / Matthew L Baker / Dong-Hua Chen / Jiu-Li Song / David T Chuang / Wah Chiu
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2008年2月20日 / 公開: 2008年9月2日
改定日付Data content typeGroupProviderタイプ
1.02008年9月2日Structure modelrepositoryInitial release
1.12011年7月13日Structure modelVersion format compliance
1.22015年7月1日Structure modelSource and taxonomy

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin
C: 60 kDa chaperonin
D: 60 kDa chaperonin
E: 60 kDa chaperonin
F: 60 kDa chaperonin
G: 60 kDa chaperonin
H: 60 kDa chaperonin
I: 60 kDa chaperonin
J: 60 kDa chaperonin
K: 60 kDa chaperonin
L: 60 kDa chaperonin
M: 60 kDa chaperonin
N: 60 kDa chaperonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)774,63714
ポリマ-774,63714
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド
60 kDa chaperonin / Protein Cpn60 / groEL protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 55331.184 Da / 分子数: 14 / 断片: residues 2-527 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: groL, groEL, mopA / プラスミドの名称: pGroESL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ESts CG-712 / 参照: UniProt: P0A6F5

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GroEL / タイプ: COMPLEX / 詳細: 14-mer. Two back to back homo-heptameric rings.
緩衝液名称: 20 mM Tris.HCl, pH 7.5, 50 mM MgCl2 / 詳細: 20 mM Tris.HCl, pH 7.5, 50 mM MgCl2 / pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: ETHANE. Vitrobot, 2sec blot

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡顕微鏡モデル: JEOL 3200FS / 日付: 2005年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 60000 / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 1.6 mm
試料ホルダ温度: 4 kelvins / 最大 傾斜角: 0 deg. / 最小 傾斜角: 0 deg.
撮影電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

CTF補正詳細: per micrograph
対称性点対称性: D7
3次元再構成実験手法: EMAN, single particle / 分解能: 4.2 Å / 粒子像の数: 20401 / ピクセルサイズ(公称値): 1.06 / 詳細: D7 symmetry, This entry contains CA atom only / 対称性のタイプ: POINT
置いた原子数 #LASTタンパク質: 7364 / 核酸: 0 / リガンド: 0 / 溶媒: 0 / 合計: 7364

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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