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- PDB-3c0v: Crystal structure of cytokinin-specific binding protein in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c0v
タイトルCrystal structure of cytokinin-specific binding protein in complex with cytokinin and Ta6Br12
要素Cytokinin-specific binding protein
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / MAD / Ta6Br12 complex / CYTOKININS / ZEATIN (ゼアチン) / PATHOGENESIS-RELATED PROTEINS (感染特異的タンパク質) / Plant defense
機能・相同性
機能・相同性情報


gibberellin binding / cytokinin binding / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / Phytohormone-binding protein CSBP / Phytohormone-binding protein CSBP
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pasternak, O. / Bujacz, A. / Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: MAD phasing using the (Ta(6)Br(12))(2+) cluster: a retrospective study
著者: Pasternak, O. / Bujacz, A. / Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2008年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytokinin-specific binding protein
B: Cytokinin-specific binding protein
C: Cytokinin-specific binding protein
D: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,27418
ポリマ－70,4514
非ポリマー11,82214
水10,413578
1
A: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3796
ポリマ－17,6131
非ポリマー4,7665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0744
ポリマ－17,6131
非ポリマー4613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7254
ポリマ－17,6131
非ポリマー4,1123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0964
ポリマ－17,6131
非ポリマー2,4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: Cytokinin-specific binding protein
C: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7998
ポリマ－35,2262
非ポリマー4,5746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
6
A: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3796
ポリマ－17,6131
非ポリマー4,7665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
D: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0964
ポリマ－17,6131
非ポリマー2,4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.219, 113.219, 85.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytokinin-specific binding protein


分子量: 17612.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna radiata (リョクトウ) / 遺伝子: VrCSBP / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ZWP8, UniProt: A0A1S3THR8*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 592分子

#2: 化合物
ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン / ゼアチン


分子量: 219.243 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O
#3: 化合物
ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細ACCORDING TO AUTHORS, THERE IS AN ERROR IN THE UNIPROTKB ENTRY UNP Q9ZWP8 AT POSITION 92 (ASN INSTEAD OF SER).

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS MAD SETS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES, pH 7.5,3mM ZEATIN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.2547, 1.2580, 1.2703
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月23日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: fixed exit double crystal Si 111, horizontally focussing
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25471
21.2581
31.27031
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 57463 / Num. obs: 56873 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 55.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345softwareデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.832 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20729 1160 2.1 %RANDOM
Rwork0.15796 ---
obs0.15897 55374 98.47 %-
all-57463 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å2-0.55 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4876 0 203 578 5657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.762.0357216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7355603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.29825.238231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16915963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8681521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2830.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0721.53027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8624988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.85732446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5864.52107
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 81 -
Rwork0.182 3873 -
obs--94.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7756-0.8105-0.13272.0858-0.0930.9123-0.0791-0.1454-0.03810.04230.084-0.00160.0047-0.0619-0.0048-0.0709-0.001-0.0053-0.07090.0155-0.141330.7143-15.02432.0425
21.376-0.9327-0.32414.693-0.39962.37680.08750.0977-0.122-0.5028-0.01580.1790.1331-0.1379-0.0717-0.0553-0.0114-0.0359-0.0365-0.0023-0.167733.6567-17.7376-7.211
31.3942-0.1633-0.05312.50140.17310.4795-0.0166-0.1857-0.03240.03050.00680.19560.0534-0.01780.0098-0.079-0.00680.0018-0.04650.0075-0.152325.533414.02392.2555
41.75210.78840.23833.1293-0.34560.3740.03830.05040.0918-0.25670.01690.26660.04720.0094-0.0552-0.06660.012-0.0281-0.0569-0.0021-0.124923.936717.3511-6.5683
52.08810.5561-0.15020.5856-0.29170.86990.0088-0.1076-0.0588-0.0102-0.0814-0.0594-0.0843-0.04260.0726-0.05160.0005-0.0099-0.0752-0.0215-0.080655.532933.64472.5415
62.92951.886-1.38031.6926-0.87830.6517-0.13720.0274-0.26-0.12930.0204-0.10740.0031-0.08390.1168-0.0088-0.0178-0.0301-0.04760.0033-0.054157.95829.492-5.8893
71.6421-0.40090.14562.71290.18881.04650.0601-0.08120.0321-0.0821-0.0107-0.00340.043-0.0189-0.0494-0.0586-0.01530.0046-0.07590.0121-0.113354.830662.37892.6637
84.35132.69191.31314.94950.25530.4907-0.06570.32720.0461-0.47840.1728-0.0172-0.03140.1871-0.10710.04110.0042-0.0027-0.0299-0.0007-0.089653.238365.8789-6.2364
91.9522-1.4802-4.21381.30524.072613.3076-0.2114-0.04070.09290.31590.04070.56520.0802-0.04110.17070.14160.0004-0.00870.15510.0310.309911.1863-8.2224-1.9938
101.0575-1.1842-2.51941.32622.82146.0023-0.13650.37010.50780.06650.16870.56-0.1328-0.2053-0.03210.24490.0101-0.00970.1790.0190.323136.822542.5917-2.8223
110.9963-0.32411.39530.1054-0.45391.9541-0.0630.8059-0.0915-1.2210.2074-0.817-0.1966-0.2198-0.14440.3064-0.0255-0.04860.29780.02810.345815.0646-6.291-10.5746
124.2973-6.00343.71398.387-5.18843.2097-0.4519-0.50120.22560.5290.56080.5471-0.2058-0.5821-0.10880.3099-0.00250.01820.2586-0.03410.311745.008865.400915.5976
135.8673-2.503-5.63961.46870.583613.70380.08370.055-0.05040.4082-0.0863-0.1795-0.5074-0.18760.00260.33920.0205-0.00620.2970.04660.348564.472730.884815.7261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1251 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2AA126 - 151126 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 1251 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4BB126 - 151126 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5CC1 - 1251 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6CC126 - 151126 - 151
7X-RAY DIFFRACTION7DD1 - 1251 - 125
8X-RAY DIFFRACTION8DD126 - 152126 - 152
9X-RAY DIFFRACTION9AM1581
10X-RAY DIFFRACTION10CN1571
11X-RAY DIFFRACTION11AO1591
12X-RAY DIFFRACTION12DP1581
13X-RAY DIFFRACTION13CQ1581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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