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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3byz | ||||||
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タイトル | 2-Amino-1,3-thiazol-4(5H)-ones as Potent and Selective 11-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 Inhibitors | ||||||
要素 | Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha beta / 3-layer (aba) sandwich / rossmann fold (ロスマンフォールド) / NAD(P)-binding rossmann-like domain. amino thiazole inhibitor / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lipid metabolism (脂質代謝) / Membrane (生体膜) / Microsome / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Polymorphism / Signal-anchor / Steroid metabolism (ステロイド) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / ---- | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Jordan, S.R. / Li, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008 タイトル: 2-amino-1,3-thiazol-4(5H)-ones as potent and selective 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 inhibitors: enzyme-ligand co-crystal structure and demonstration of pharmacodynamic effects in C57Bl/6 mice. 著者: Johansson, L. / Fotsch, C. / Bartberger, M.D. / Castro, V.M. / Chen, M. / Emery, M. / Gustafsson, S. / Hale, C. / Hickman, D. / Homan, E. / Jordan, S.R. / Komorowski, R. / Li, A. / McRae, K. ...著者: Johansson, L. / Fotsch, C. / Bartberger, M.D. / Castro, V.M. / Chen, M. / Emery, M. / Gustafsson, S. / Hale, C. / Hickman, D. / Homan, E. / Jordan, S.R. / Komorowski, R. / Li, A. / McRae, K. / Moniz, G. / Matsumoto, G. / Orihuela, C. / Palm, G. / Veniant, M. / Wang, M. / Williams, M. / Zhang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3byz.cif.gz | 209.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3byz.ent.gz | 170.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3byz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30486.426 Da / 分子数: 4 / 変異: C266S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11B1, HSD11, HSD11L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P28845, 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-H11 / ( |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25% PEG3350, 0.1M NaCitrate, 0.2M AmAc, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→50 Å / Num. all: 30162 / Num. obs: 30027 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 6.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2938 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 15.624 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.267 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.694→2.764 Å / Total num. of bins used: 20
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