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- PDB-3bkb: Crystal structure of human Feline Sarcoma Viral Oncogene Homologu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bkb
タイトルCrystal structure of human Feline Sarcoma Viral Oncogene Homologue (v-FES)
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Fes/Fps
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / FES / v-fes / Fujinami / avian sarcoma / viral (ウイルス性) / oncogene (がん遺伝子) / feline sarcoma virus / SGC / Structural Genomics Consortium / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene (がん遺伝子) / SH2 domain (SH2ドメイン) / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid cell differentiation / regulation of mast cell degranulation / regulation of vesicle-mediated transport / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cellular response to vitamin D / CRMPs in Sema3A signaling / microtubule bundle formation / positive regulation of monocyte differentiation / regulation of cell motility / centrosome cycle ...positive regulation of myeloid cell differentiation / regulation of mast cell degranulation / regulation of vesicle-mediated transport / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cellular response to vitamin D / CRMPs in Sema3A signaling / microtubule bundle formation / positive regulation of monocyte differentiation / regulation of cell motility / centrosome cycle / myoblast proliferation / cardiac muscle cell proliferation / immunoglobulin receptor binding / regulation of cell differentiation / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of cell adhesion / positive regulation of microtubule polymerization / phosphatidylinositol binding / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / microtubule cytoskeleton / 走化性 / regulation of cell population proliferation / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / 細胞接着 / focal adhesion / ゴルジ体 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Fes/Fps type / Fes/Fps/Fer, SH2 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein ...Tyrosine-protein kinase, Fes/Fps type / Fes/Fps/Fer, SH2 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スタウロスポリン / Tyrosine-protein kinase Fes/Fps
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Fedorov, O. / Cooper, C. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Fedorov, O. / Cooper, C. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Structural Coupling of SH2-Kinase Domains Links Fes and Abl Substrate Recognition and Kinase Activation
著者: Filippakopoulos, P. / Kofler, M. / Hantschel, O. / Gish, G.D. / Grebien, F. / Salah, E. / Neudecker, P. / Kay, L.E. / Turk, B.E. / Superti-Furga, G. / Pawson, T. / Knapp, S.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Fes/Fps
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,00913
ポリマ－42,7581
非ポリマー1,25112
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.404, 80.404, 131.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

SO4

21A-1-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Fes/Fps / C-Fes


分子量: 42758.043 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 448-822 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FES, FPS / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(R3)
参照: UniProt: P07332, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Na2SO4, 0.1M Bis-Tris-Propane, 20% PEG 3350, 10% Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98074 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98074 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14.1 % / Av σ(I) over netI: 4.4 / 数: 648377 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / D res high: 1.731 Å / D res low: 69.673 Å / Num. obs: 46019 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.6369.6799.810.0610.06116.9
3.985.6310010.0770.07717.4
3.253.9810010.0910.09117.4
2.813.2510010.1060.10617.4
2.522.8110010.1560.15617.4
2.32.5210010.2240.22417.3
2.132.310010.320.3217.2
1.992.1310010.3860.38613.2
1.881.9910010.5230.5239.8
1.781.8810010.7870.7875.9
反射解像度: 1.78→43.81 Å / Num. all: 46019 / Num. obs: 46019 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6704 / Rsym value: 0.787 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.2 Å
Translation2 Å40.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: An ensemble of three kinase domains from the PDB entries 2HYY, 2G2I, 2G2H

2hyy

2g2i

2g2h


解像度: 1.78→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.693 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 2312 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
all0.15 45977 --
obs0.15 45977 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20.19 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 82 388 3397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.284
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.085
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.078
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 153 -
Rwork0.22 3209 -
all-3362 -
obs--99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82560.45880.35041.69210.36465.39050.0064-0.04-0.0305-0.0194-0.1026-0.06840.1125-0.03020.0962-0.0950.001-0.0469-0.07320.0138-0.065816.86434.29120.538
20.48020.20660.0381.0903-0.00731.0345-0.05410.02390.0464-0.07410.03420.1087-0.0867-0.01560.0199-0.15520.0012-0.0112-0.126-0.0094-0.056913.05131.09548.826
31.1786-0.3829-0.27931.42010.15881.0393-0.0201-0.0941-0.10910.16-0.01320.13870.0964-0.02330.0333-0.138-0.0140.0196-0.14680.0073-0.066119.04312.46162.168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA449 - 5504 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2AA551 - 650106 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3AA651 - 821206 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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