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- PDB-3b3q: Crystal structure of a synaptic adhesion complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b3q
タイトルCrystal structure of a synaptic adhesion complex
要素
  • NRXN1 protein
  • Nlgn1 protein
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / synaptic formation / adhesion (接着) / heterophilic / protein-protein complex / calcium binding (カルシウム) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


neurexin clustering involved in presynaptic membrane assembly / regulation of presynapse organization / : / protein-containing complex assembly involved in synapse maturation / positive regulation of presynaptic active zone assembly / cytoskeletal matrix organization at active zone / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly ...neurexin clustering involved in presynaptic membrane assembly / regulation of presynapse organization / : / protein-containing complex assembly involved in synapse maturation / positive regulation of presynaptic active zone assembly / cytoskeletal matrix organization at active zone / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / Neurexins and neuroligins / protein complex involved in cell-cell adhesion / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / guanylate kinase-associated protein clustering / type 1 fibroblast growth factor receptor binding / neuronal signal transduction / terminal button organization / neuron to neuron synapse / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / excitatory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic membrane assembly / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / presynaptic membrane assembly / synapse maturation / NMDA glutamate receptor clustering / maintenance of synapse structure / negative regulation of filopodium assembly / neuroligin family protein binding / synaptic vesicle targeting / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / synaptic membrane adhesion / synaptic vesicle clustering / receptor localization to synapse / inhibitory synapse / neuron cell-cell adhesion / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / neurexin family protein binding / AMPA glutamate receptor clustering / filopodium tip / protein localization to synapse / vocalization behavior / neuron projection arborization / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of AMPA receptor activity / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse assembly / NMDA selective glutamate receptor complex / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of protein localization to synapse / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / synaptic vesicle transport / regulation of neuron differentiation / adult behavior / positive regulation of protein kinase A signaling / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / excitatory synapse / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / GABA-ergic synapse / protein targeting / synaptic cleft / axonal growth cone / synapse assembly / cellular response to calcium ion / cell adhesion molecule binding / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / dendritic shaft / 学習 / long-term synaptic potentiation / PDZ domain binding / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synapse organization / positive regulation of protein localization to plasma membrane / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / establishment of protein localization / positive regulation of neuron projection development / neuron projection development / calcium-dependent protein binding / rhythmic process / transmembrane signaling receptor activity / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / nervous system development
類似検索 - 分子機能
Neuroligin-1 / Neuroligin / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / ラミニン / Laminin G domain profile. / ラミニン / ラミニン ...Neuroligin-1 / Neuroligin / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / ラミニン / Laminin G domain profile. / ラミニン / ラミニン / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Jelly Rolls - #200 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NRXN1 protein / Neurexin-1-beta / Nlgn1 protein / Neuroligin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, X. / Liu, H. / Shim, A. / Focia, P. / He, X.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for synaptic adhesion mediated by neuroligin-neurexin interactions.
著者: Chen, X. / Liu, H. / Shim, A.H. / Focia, P.J. / He, X.
履歴
登録2007年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年5月15日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nlgn1 protein
B: Nlgn1 protein
E: NRXN1 protein
F: NRXN1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,73710
ポリマ－172,1634
非ポリマー1,5756
水27,9591552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.590, 125.400, 131.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Nlgn1 protein


分子量: 64623.363 Da / 分子数: 2 / 断片: cholinesterase-like domain / 変異: N343Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nlgn1 / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q4KMN5, UniProt: Q99K10*PLUS
#2: タンパク質 NRXN1 protein


分子量: 21457.939 Da / 分子数: 2 / 断片: LNS domain or LG domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRXN1 / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A4FVB9, UniProt: P58400*PLUS

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糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 1554分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M sodium citrate, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M sodium chloride, 0.01M calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 76375 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1N5M and 1C4R

1n5m

1c4r


解像度: 2.4→24.64 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 3783 -random
Rwork0.242 ---
all0.243 ---
obs0.243 74475 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å2-1.34 Å22.9 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11300 0 100 1552 12952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 618 -
Rwork0.364 --
obs-11549 97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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