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- PDB-3aqp: Crystal structure of SecDF, a translocon-associated membrane prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aqp
タイトルCrystal structure of SecDF, a translocon-associated membrane protein, from Thermus thrmophilus
要素Probable SecDF protein-export membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / SECDF / SEC / TRANSLOCON (トランスロコン) / CELL MEMBRANE (細胞膜) / MEMBRANE (生体膜) / PROTEIN TRANSPORT / TRANSLOCATION / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein targeting / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #200 / Alpha-Beta Plaits - #3220 / : / : / Protein translocase subunit SecDF, P1 domain, N-terminal / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial ...Gyrase A; domain 2 - #200 / Alpha-Beta Plaits - #3220 / : / : / Protein translocase subunit SecDF, P1 domain, N-terminal / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / Protein export membrane protein / SecD/SecF GG Motif / Sterol-sensing domain / Gyrase A; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecDF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tsukazaki, T. / Mori, H. / Echizen, Y. / Ishitani, R. / Fukai, S. / Tanaka, T. / Perederina, A. / Vassylyev, D.G. / Kohno, T. / Ito, K. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export
著者: Tsukazaki, T. / Mori, H. / Echizen, Y. / Ishitani, R. / Fukai, S. / Tanaka, T. / Perederina, A. / Vassylyev, D.G. / Kohno, T. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Nureki, O.
履歴
登録2010年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable SecDF protein-export membrane protein
B: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,1802
ポリマ－161,1802
非ポリマー00
水0
1
A: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5901
ポリマ－80,5901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5901
ポリマ－80,5901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.636, 140.636, 160.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPVALVALchain A and (resseq 2:515 or resseq 522:726 )AA2 - 5152 - 515
12TYRTYRARGARGchain A and (resseq 2:515 or resseq 522:726 )AA522 - 726522 - 726
21ASPASPVALVALchain B and (resseq 2:515 or resseq 522:726 )BB2 - 5152 - 515
22TYRTYRARGARGchain B and (resseq 2:515 or resseq 522:726 )BB522 - 726522 - 726

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要素

#1: タンパク質 Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量: 80589.758 Da / 分子数: 2 / 変異: N2D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 遺伝子: SECDF, TTHA0697 / プラスミド: PTV118N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD202 / 参照: UniProt: Q5SKE6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26% PEG 400, 0.2M SODIUM ACETETE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.501
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 41841

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→46.879 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7247 / σ(F): 0.7 / 位相誤差: 34.57 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 2304 5.51 %
Rwork0.298 --
obs0.2991 41834 88.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 418.65 Å2 / Biso min: 18.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6946 Å20 Å20 Å2
2---2.6946 Å2-0 Å2
3---5.3891 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11028 0 0 0 11028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01511280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29815244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1114080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051936
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5514X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
12B5514X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.299-3.37550.39231340.34122354X-RAY DIFFRACTION76
3.3755-3.45970.3551270.33372363X-RAY DIFFRACTION76
3.4597-3.55290.32381260.30632379X-RAY DIFFRACTION76
3.5529-3.65710.32841410.30262337X-RAY DIFFRACTION75
3.6571-3.77460.33651340.29512460X-RAY DIFFRACTION79
3.7746-3.90890.34661320.28652516X-RAY DIFFRACTION80
3.9089-4.06460.28391410.27352542X-RAY DIFFRACTION82
4.0646-4.24860.32561600.27652724X-RAY DIFFRACTION87
4.2486-4.4710.25841460.27432761X-RAY DIFFRACTION89
4.471-4.74890.30481440.27262793X-RAY DIFFRACTION89
4.7489-5.1120.29631480.29952878X-RAY DIFFRACTION92
5.112-5.61980.32811430.32442869X-RAY DIFFRACTION92
5.6198-6.41790.37031550.35462929X-RAY DIFFRACTION93
6.4179-8.02970.35911390.30392969X-RAY DIFFRACTION95
8.0297-23.19410.29571570.26912805X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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