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- PDB-6hxs: Human PARP16 (ARTD15) IN COMPLEX WITH CARBA-NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxs
タイトルHuman PARP16 (ARTD15) IN COMPLEX WITH CARBA-NAD
要素Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16
キーワードTRANSFERASE / ADP-RIBOSE / PARP16 / ARTD15 / ADP-RIBOSYLATION / CARBA-NAD / SUBSTRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum tubular network / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / : / : / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein auto-ADP-ribosylation / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / IRE1-mediated unfolded protein response ...endoplasmic reticulum tubular network / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / : / : / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein auto-ADP-ribosylation / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / IRE1-mediated unfolded protein response / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of cytoplasmic translation / nucleotidyltransferase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein serine/threonine kinase activator activity / kinase binding / nuclear envelope / viral protein processing / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PARP16 N-terminal domain / : / ARTD15 N-terminal domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Karlberg, T. / Pinto, A.F. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human PARP16 (ARTD15) IN COMPLEX WITH CARBA-NAD
著者: Karlberg, T. / Pinto, A.F. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
履歴
登録2018年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16
B: Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16
C: Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6239
ポリマ－100,7473
非ポリマー1,8766
水3,873215
1
A: Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4334
ポリマ－33,5821
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3413
ポリマ－33,5821
非ポリマー7592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8492
ポリマ－33,5821
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.890, 147.890, 100.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Mono [ADP-ribose] polymerase PARP16 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 15 / Poly [ADP-ribose] polymerase 16 / PARP-16


分子量: 33582.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP16, ARTD15, C15orf30 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N5Y8, NAD+ ADP-ribosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 221分子

#2: 化合物 ChemComp-CNA / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / カルバNAD+


分子量: 662.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N7O13P2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% Poly(ethylene glycol) 3350, 0.4M sodium sulfate, 3mM Carba-NAD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.82 Å / Num. obs: 70027 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 9 / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 40.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 23.1 % / Rmerge(I) obs: 2.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5104 / CC1/2: 0.582 / Rrim(I) all: 2.635 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F0D

4f0d


解像度: 2.05→29.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.125
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 3516 5.03 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 69930 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3657 Å20 Å20 Å2
2---0.3657 Å20 Å2
3---0.7314 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5621 0 123 215 5959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015898HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.968011HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2616SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes14HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes991HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5898HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion747SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6461SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.06 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 -5.08 %
Rwork0.2389 1328 -
all0.2388 1399 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6995-0.26260.13421.5873-0.51571.90330.00330.12770.0122-0.18870.03720.0692-0.0166-0.127-0.0405-0.06860.01210.0008-0.04660.0322-0.12226.9287-27.09354.1369
23.6928-0.316-0.38131.2867-0.16181.2629-0.1101-0.3679-0.30960.03050.0221-0.19440.14180.24990.088-0.16630.00760.0212-0.06040.0494-0.1064-11.0455-42.2865-1.7126
31.4154-0.49710.23242.18320.16271.91460.04920.07390.2348-0.2049-0.0704-0.2926-0.043-0.02910.0213-0.10060.01820.0127-0.1050.1182-0.090830.99223.1551-6.4492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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