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- PDB-4oua: Coexistent single-crystal structure of latent and active mushroom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oua
タイトルCoexistent single-crystal structure of latent and active mushroom tyrosinase (abPPO4) mediated by a hexatungstotellurate(VI)
要素
  • latent form of PPO4 Tyrosinase
  • proteolytically activated form of PPO4 Tyrosinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / type-3 copper protein / tyrosinase / PPO4 / zymogen / tyrosinase maturation / hetero-protein co-crystallization / Anderson-Evans-type polyoxometalate
機能・相同性di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / COPPER (I) ION / 6-tungstotellurate(VI) / :
機能・相同性情報
生物種Agaricus bisporus var. bisporus H97 (セイヨウマツタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.763 Å
データ登録者St.Mauracher, G. / Molitor, C. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Latent and active abPPO4 mushroom tyrosinase cocrystallized with hexatungstotellurate(VI) in a single crystal.
著者: Mauracher, S.G. / Molitor, C. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of latent isoform PPO4 mushroom (Agaricus bisporus) tyrosinase.
著者: Mauracher, S.G. / Molitor, C. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A.
#2: ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2014
タイトル: High level protein-purification allows the unambiguous polypeptide determination of latent isoform PPO4 of mushroom tyrosinase.
著者: Mauracher, S.G. / Molitor, C. / Michael, C. / Kragl, M. / Rizzi, A. / Rompel, A.
履歴
登録2014年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42018年1月31日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat / Item: _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific
改定 1.52025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: proteolytically activated form of PPO4 Tyrosinase
B: latent form of PPO4 Tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,43516
ポリマ－107,3712
非ポリマー4,06414
水2,324129
1
A: proteolytically activated form of PPO4 Tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6196
ポリマ－43,7321
非ポリマー1,8875
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: latent form of PPO4 Tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,81610
ポリマ－63,6391
非ポリマー2,1779
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.530, 83.720, 66.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

TEW

21A-405-

TEW

31B-609-

TEW

41B-609-

TEW

51B-609-

TEW

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 proteolytically activated form of PPO4 Tyrosinase


分子量: 43731.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: White edible mushroom
由来: (天然) Agaricus bisporus var. bisporus H97 (セイヨウマツタケ)
株: strain H97 / ATCC MYA-4626 / FGSC 10389 / 参照: UniProt: K9I869, tyrosinase
#2: タンパク質 latent form of PPO4 Tyrosinase


分子量: 63639.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: White edible mushroom
由来: (天然) Agaricus bisporus var. bisporus H97 (セイヨウマツタケ)
株: strain H97 / ATCC MYA-4626 / FGSC 10389 / 参照: UniProt: K9I869, tyrosinase

-
非ポリマー , 5種, 143分子

#3: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI)


分子量: 1614.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O24TeW6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG4000, 1 mM Na6[TeW6O24].22H2O, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月15日
放射モノクロメーター: single bounce monochromator (22m) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→48.132 Å / Num. all: 28294 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 44.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 1.206 / Net I/σ(I): 6.53
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.76-2.840.6071.4970853502182.4
2.84-2.910.5411.6985804048195.4
2.91-30.4581.9580803867195.3
3-3.090.4022.2780033830196.2
3.09-3.190.3462.777303669195.5
3.19-3.30.273.1972223467195.1
3.3-3.430.2064.2370873353194
3.43-3.570.1784.9766383185192
3.57-3.730.1336.1760752962189.7
3.73-3.910.117.2250652537180.6
3.91-4.120.0978.1961322942196.5
4.12-4.370.089.9357512695196.7
4.37-4.670.07210.8354792590196.4
4.67-5.050.06411.9350412361195.1
5.05-5.530.07211.0745482150194.1
5.53-6.180.07510.2939181853190.7
6.18-7.130.06411.433511625188.2
7.13-8.740.04216.227481324186.3
8.74-12.360.02724.0824751164198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
GDA(Generic Data Acquisition)データ収集
XDSデータ削減
PHENIXPhaser (MR)位相決定
精密化解像度: 2.763→48.132 Å / FOM work R set: 0.8407 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 1415 5 %
Rwork0.186 26875 -
obs0.1881 28290 95.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.13 Å2 / Biso mean: 42.93 Å2 / Biso min: 18.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.763→48.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7521 0 102 129 7752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58710861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8922796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7632-2.86190.34971310.28052491262289
2.8619-2.97650.32321440.26172744288898
2.9765-3.11190.29421450.24642741288698
3.1119-3.27590.2911440.21972747289198
3.2759-3.48110.26071420.20042691283396
3.4811-3.74980.23591390.18592644278394
3.7498-4.1270.20171350.16122565270091
4.127-4.72370.17771450.14242751289698
4.7237-5.94970.1781460.16172783292998
5.9497-48.13960.19741440.17162718286294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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