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- PDB-3aoi: RNA polymerase-Gfh1 complex (Crystal type 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aoi
タイトルRNA polymerase-Gfh1 complex (Crystal type 2)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
  • Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
キーワードTranscription (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA/RNA / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase binding / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...RNA polymerase binding / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, GreA/GreB, conserved site / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain superfamily / Transcription elongation factor, N-terminal / Prokaryotic transcription elongation factors signature 2. / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal / Transcription elongation factor GreA/GreB family / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term / Transcription elongation factor GreA/GreB, C-terminal domain superfamily / : ...Transcription elongation factor, GreA/GreB, conserved site / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain superfamily / Transcription elongation factor, N-terminal / Prokaryotic transcription elongation factors signature 2. / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal / Transcription elongation factor GreA/GreB family / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term / Transcription elongation factor GreA/GreB, C-terminal domain superfamily / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / Transcription inhibitor protein Gfh1 / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Tagami, S. / Sekine, S. / Kumarevel, T. / Yamamoto, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of bacterial RNA polymerase bound with a transcription inhibitor protein
著者: Tagami, S. / Sekine, S.I. / Kumarevel, T. / Hino, N. / Murayama, Y. / Kamegamori, S. / Yamamoto, M. / Sakamoto, K. / Yokoyama, S.
履歴
登録2010年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
K: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
O: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
P: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
Q: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
R: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
S: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
T: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
U: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
X: Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
Y: Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
Z: Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,241,94130
ポリマ－1,241,67224
非ポリマー2696
水0
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
P: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
Q: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
X: Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,98010
ポリマ－413,8918
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
R: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
S: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
Y: Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,98010
ポリマ－413,8918
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
O: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
T: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
U: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
Z: Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,98010
ポリマ－413,8918
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.230, 264.510, 193.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 15分子 ABFGKLCHMDINEJO

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR6, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / Transcriptase subunit beta / RNA polymerase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE9, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / Transcriptase subunit beta' / RNA polymerase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE8, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / ポリメラーゼ / RNAP omega subunit / Transcriptase subunit omega / RNA polymerase omega subunit


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE7, ポリメラーゼ

-
DNA鎖 / RNA鎖 / タンパク質 , 3種, 9分子 PRTQSUXYZ

#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*A*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*T)-3')


分子量: 8238.298 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligomer
#6: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*G)-3')


分子量: 10366.212 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligomer
#7: タンパク質 Anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1


分子量: 17206.482 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA1042 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJG6

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

配列の詳細ONE MORE DNA OLIGOMER (NONTEMPLATE DNA) WAS USED IN CRYSTALLIZATION, HOWEVER ITS ELECTRON DENSITY ...ONE MORE DNA OLIGOMER (NONTEMPLATE DNA) WAS USED IN CRYSTALLIZATION, HOWEVER ITS ELECTRON DENSITY WAS NOT OBSERVED. THE SEQUENCE IS (DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 50mM Hepes-NaOH buffer (pH 6.4), 5.5% PEG 8000, 300mM LiCl, 10mM MgCl2, 1% dimethyl sulfoxide, 5mM taurine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. obs: 112834 / % possible obs: 97.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2O5I, 3DXJ, 2F23, and 3AOH

2o5i

3dxj

2f23

3aoh


解像度: 4.3→47.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 8706429.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.338 3392 3 %RANDOM
Rwork0.317 ---
obs0.317 112830 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 102.644 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 160.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.46 Å20 Å232.91 Å2
2---32.81 Å20 Å2
3---12.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.88 Å0.81 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.46 Å1.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数72811 829 6 0 73646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it25.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it38.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it28.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it41.472.5
LS精密化 シェル解像度: 4.3→4.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 528 2.9 %
Rwork0.404 17502 -
obs--94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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