+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a23 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of beta-L-Arabinopyranosidase complexed with D-galactose | ||||||
要素 | Putative secreted alpha-galactosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-alpha-barrel / Greek key motif / beta-jellyroll / beta-trefoil | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avermitilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fujimoto, Z. / Ichinose, H. / Kaneko, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: A beta-l-Arabinopyranosidase from Streptomyces avermitilis is a novel member of glycoside hydrolase family 27. 著者: Ichinose, H. / Fujimoto, Z. / Honda, M. / Harazono, K. / Nishimoto, Y. / Uzura, A. / Kaneko, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of exo-alpha-1,5-L-arabinofuranosidase from Streptomyces avermitilis NBRC14893. 著者: Fujimoto, Z. / Ichinose, H. / Kaneko, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a23.cif.gz | 276.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3a23.ent.gz | 218.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a23.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/3a23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/3a23 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64307.629 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-658 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 株: NBRC14893 / 遺伝子: agaA2, SAV2186, SAV_2186 / プラスミド: pIJ702 / 発現宿主: Streptomyces lividans (スナパリシン) / 株 (発現宿主): 1326 / 参照: UniProt: Q82L26 #2: 糖 | |
---|
-非ポリマー , 5種, 1514分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-EPE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.7M ammonium sulfate, 1.7% PEG 400, 15% glycerol, 0.1M HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 97694 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 28.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3A21 解像度: 1.9→41.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.199 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.27 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
|