PDB-3a03: Crystal structure of Hox11L1 homeodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3a03

タイトル

Crystal structure of Hox11L1 homeodomain

要素

T-cell leukemia homeobox protein 2

キーワード

GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) /

HOMEODOMAIN (ホメオボックス) /

Developmental protein (ヒトの発達) / DNA-binding /

Homeobox (ホメオボックス) /

Nucleus (Nucleus)

機能・相同性

機能・相同性情報

animal organ development / negative regulation of dendrite morphogenesis /

enteric nervous system development / chromatin => GO:0000785 / mesoderm formation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Cooperative DNA-binding and sequence-recognition mechanism of aristaless and clawless
著者: Miyazono, K. / Zhi, Y. / Takamura, Y. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.

履歴

登録	2009年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3a03.cif.gz	25.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3a03.ent.gz	16.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3a03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/3a03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/3a03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a01C 3a02C 3lnqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h7v-d 3q6c-5 1lv9-d 1pml-3 2knf-d 2igh-d 2jvv-d 5ix9-d 1zmh-1 1ld6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: T-cell leukemia homeobox protein 2

ヘテロ分子

7.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: T-cell leukemia homeobox protein 2

ヘテロ分子

A: T-cell leukemia homeobox protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.060, 33.170, 34.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	T-cell leukemia homeobox protein 2 / Homeobox protein Hox-11L1 / Neural corest homeobox protein 分子量: 6831.938 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox, residues 162-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLX2, HOX11L1, NCX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43763
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.54→20 Å / Num. obs: 11716

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→19.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22282	567	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19982	-	-	-
obs	0.2009	11148	96.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.1 Å² / B_iso mean: 26.966 Å² / B_iso min: 8.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→19.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	459	0	11	106	576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.946	631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.488	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.306	20	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.004	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.186	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.366	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.295	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.266	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.823	1.5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.566	2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.478	3	218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.041	4.5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.536→1.576 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	31	-
R_work	0.33	543	-
all	-	605	-
obs	-	-	65.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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