PDB-3a02: Crystal structure of Aristaless homeodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3a02

タイトル

Crystal structure of Aristaless homeodomain

要素

Homeobox protein aristaless

キーワード

GENE REGULATION / HOMEODOMAIN / Developmental protein / DNA-binding / Homeobox / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

elongation of arista core / leg disc development / antennal morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / chaeta development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Cooperative DNA-binding and sequence-recognition mechanism of aristaless and clawless
著者: Miyazono, K. / Zhi, Y. / Takamura, Y. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.

履歴

登録	2009年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3a02.cif.gz	39.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3a02.ent.gz	26.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3a02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/3a02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/3a02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a01C 3a03C 3lnqC 1fjlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fz6-1 1ops-d 1r63-d 6bwz-1 1vjw-d 5xqn-2 4j9h-3 2mz4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Homeobox protein aristaless

ヘテロ分子

7.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.810, 45.810, 48.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-3- HOH

#1: タンパク質	Homeobox protein aristaless 分子量: 7301.347 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox, residues 91-146 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: al, CG3935 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06453
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 30% PEG 400, 0.1M Cadmium chloride, 0.1M Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1→39.67 Å / Num. obs: 32230 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 9.186 Å² / R_merge F obs: 0.057 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 18.23 / Num. measured all: 327246

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1-1.03		0.269	0.45	5.8	23071	2344	2340	0.48	99.8
1.03-1.05		0.205	0.345	7.2	23104	2331	2331	0.36	100
1.05-1.08		0.161	0.272	8.7	22458	2258	2258	0.29	100
1.08-1.12		0.124	0.212	10.6	22352	2214	2214	0.22	100
1.12-1.15		0.096	0.165	12.9	21392	2105	2105	0.17	100
1.15-1.2		0.079	0.145	14.4	20935	2050	2050	0.15	100
1.2-1.24		0.074	0.132	15.4	20641	2004	2004	0.14	100
1.24-1.29		0.065	0.123	16.7	19793	1914	1914	0.13	100
1.29-1.35		0.051	0.108	19	19225	1844	1844	0.11	100
1.35-1.41		0.045	0.096	21	18213	1748	1748	0.1	100
1.41-1.49		0.04	0.085	23.1	17733	1691	1691	0.09	100
1.49-1.58		0.035	0.078	25.3	16876	1604	1604	0.08	100
1.58-1.69		0.029	0.071	27.5	15823	1499	1499	0.07	100
1.69-1.83		0.026	0.068	28.9	14774	1404	1403	0.07	99.9
1.83-2		0.024	0.064	30.5	13715	1301	1301	0.07	100
2-2.24		0.024	0.062	32	12270	1180	1180	0.06	100
2.24-2.58		0.024	0.062	32.6	10557	1052	1041	0.07	99
2.58-3.16		0.024	0.064	31.6	8247	892	869	0.07	97.4
3.16-4.47		0.028	0.063	28.1	4279	717	573	0.07	79.9
	4.47	0.028	0.066	26.2	1788	419	261	0.07	62.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FJL

1fjl

解像度: 1→13.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 0.357 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18436	1633	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17219	30595	-	-
obs	0.17279	32228	98.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.85 Å² / B_iso mean: 10.254 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→13.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	431	0	2	99	532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.943	1.92	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.3	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.393	22.174	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.198	15	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.137	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.77	1.5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.595	2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.941	3	190
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.961	4.5	186

LS精密化シェル

解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	125	-
R_work	0.194	2213	-
all	-	2338	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1266	1.2876	-1.0491	5.2073	1.5223	12.7429	-0.4326	-0.094	0.5634	-0.6683	0.3067	0.6483	-0.2748	-0.184	0.126	0.0957	-0.0315	-0.0931	0.0291	0.029	0.1087	30.543	24.627	0.396
2	1.184	-0.3797	1.051	0.146	-0.2644	1.2369	0.0186	0.0237	-0.0116	0.0097	-0.0008	0.0005	0.0262	0.0305	-0.0178	0.0718	-0.0305	-0.0008	0.0352	0.0018	0.0278	32.218	18.487	-0.19
3	2.4728	-1.787	-0.7584	1.3159	0.3158	2.89	-0.0025	0.0868	-0.0427	0.0003	-0.0548	0.0214	0.0552	-0.0324	0.0574	0.0385	-0.0184	-0.0068	0.0307	-0.0088	0.0526	30.143	11.123	0.07
4	0.3775	-1.0477	0.5983	4.4731	0.6235	4.3492	0.1611	-0.0478	0.0321	-0.3075	0.066	-0.2642	0.4257	-0.1239	-0.2271	0.15	-0.0761	0.0229	0.0563	-0.0193	0.0333	30.046	6.589	5.785
5	5.3223	3.0028	0.2996	4.7716	0.1312	0.2445	0.0086	-0.0893	-0.1366	-0.042	0.0076	-0.1655	0.0889	-0.0116	-0.0161	0.0417	-0.0151	-0.0066	0.036	-0.011	0.0349	36.996	11.871	12.006
6	3.8549	2.8841	-3.9536	10.2672	-5.3216	4.7545	-0.2501	0.1528	0.0287	-0.1796	0.2268	-0.2114	0.244	-0.1923	0.0232	0.0335	-0.0238	0.009	0.0528	-0.0064	0.032	39.584	17.851	6.609
7	1.2998	0.7164	-1.9977	0.7702	-0.6673	3.8482	0.016	0.0541	0.0434	-0.0114	0.0363	-0.0173	-0.0662	-0.1687	-0.0523	0.0302	-0.0112	-0.0098	0.0572	-0.0005	0.0381	34.478	21.195	9.899
8	1.8748	1.0562	1.1964	1.254	-0.0417	1.5481	-0.0692	0.0753	0.0038	-0.0097	0.0544	-0.0071	-0.0629	0.0259	0.0148	0.0305	-0.012	-0.0063	0.0496	-0.0005	0.0337	26.954	16.006	9.748
9	0.3791	-0.676	0.5639	1.2215	-0.8368	3.1933	0.0244	-0.0098	-0.0234	-0.0384	0.0003	0.0477	0.1452	-0.1207	-0.0247	0.0375	-0.0243	-0.0092	0.0544	-0.0007	0.033	20.109	9.748	5.867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	91 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	101 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	106 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	117 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	122 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	128 - 135
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	136 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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