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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 357d | ||||||
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タイトル | 3.5 A structure of fragment I from E. coli 5S RRNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA (リボ核酸) / U-RNA (核内低分子RNA) / DOUBLE HELIX / KINKED / INTERNAL LOOP / OVERHANGING BASE / MODIFIED / MISMATCHED | ||||||
機能・相同性 | : / リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASES FROM A BROMINE WERE COMBINED WITH MAD, SIRAS PHASES FROM A MERCURY DERIVIATIVE. MLPHARE WAS USED TO CALCULATE THE PHASES WHILE SIGMAA WAS USED TO COMBINE THE THREE PHASES SETS. / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Correll, C.C. / Freeborn, B. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Metals, motifs, and recognition in the crystal structure of a 5S rRNA domain. 著者: Correll, C.C. / Freeborn, B. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1997 タイトル: Use of Chemically Modified Nucleotides to Determine a 62-Nucleotide RNA Crystal Structure: A Survey of Phosphorothioates, Br, Pt, and Hg 著者: Correll, C.C. / Freeborn, B. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: The Solution Structure of the Loop E/Loop D Region of E. Coli 5S rRNA 著者: Dallas, A. / Moore, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 357d.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb357d.ent.gz | 31.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 357d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/57/357d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/57/357d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3514.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / Organelle (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 6166.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PKK5-1 RRNB 5S CISTRON / Organelle (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 | ||
#3: RNA鎖 | 分子量: 10012.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PKK5-1 RRNB 5S CISTRON / Organelle (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-HG / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: pH 6.40, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月30日 / 詳細: SILICON 111 BENDING MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 6037 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 95.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 3602 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 29667 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 3.62 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MAD PHASES FROM A BROMINE WERE COMBINED WITH MAD, SIRAS PHASES FROM A MERCURY DERIVIATIVE. MLPHARE WAS USED TO CALCULATE THE PHASES WHILE SIGMAA WAS USED TO COMBINE THE THREE PHASES SETS. 解像度: 3.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 18352194.5 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: TARGET FOR REFINEMENT WAS MLHL: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES AND PHASE PROBABILITY DISTRIBUTION FROM THE COMBINED PHASES DESCRIBED BELOW.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 98.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 98.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / % reflection Rfree: 13.2 % |