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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z07 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein TTHA0978 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / uncharacterized conserved protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trehalose metabolic process / alpha,alpha-trehalase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Iino, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Thermus thermophilus HB8 著者: Iino, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z07.cif.gz | 170.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z07.ent.gz | 141.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z07.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z07 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49073.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJN0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 29% v/v MPD, 0.1M Sodium citrate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9789, 0.9000, 0.9794 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月9日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI Double-Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→30 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 17.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3849808.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.8485 Å2 / ksol: 0.374754 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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