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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yz2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ABC transporter in the cobalt transport system | ||||||
要素 | Putative ABC transporter ATP-binding protein TM_0222 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ABC Transporter / Cobalt transport / ATP-binding protein / TM0222 / Inner membrane / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トランスロカーゼ / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ethayathullah, A.S. / Bessho, Y. / Padmanabhan, B. / Singh, T.P. / Kaur, P. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the ABC transporter in the cobalt transport system 著者: Ethayathullah, A.S. / Bessho, Y. / Padmanabhan, B. / Singh, T.P. / Kaur, P. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yz2.cif.gz | 123.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yz2.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yz2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/2yz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/2yz2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30276.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL-X 参照: UniProt: Q9WY65, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M potassium flouride, 20% (w/v) PEG 3350 (PEG/ION-2), pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97891, 0.90000, 0.97934 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 31565 / Num. obs: 31555 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Num. unique all: 3095 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 7.397 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.895 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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