[日本語] English
万見
- PDB-2yev: Structure of caa3-type cytochrome oxidase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yev
タイトルStructure of caa3-type cytochrome oxidase
要素
  • (CYTOCHROME C OXIDASE ...シトクロムcオキシダーゼ) x 2
  • CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / membrane => GO:0016020 / copper ion binding / heme binding ...シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / membrane => GO:0016020 / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #110 / Cytochrome oxidase Caa3-type, subunit IV / Caa3-type Cytochrome c oxidase subunit II, cupredoxin domain / Cytochrome oxidase Caa3-type, subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #110 / Cytochrome oxidase Caa3-type, subunit IV / Caa3-type Cytochrome c oxidase subunit II, cupredoxin domain / Cytochrome oxidase Caa3-type, subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / シトクロムc / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Cupredoxin / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-3-HYDROXYPROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE / Chem-5PL / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE / 1,3-DIHYDROXYPROPAN-2-YL (Z)-TETRADEC-7-ENOATE / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / HEME C / Cytochrome c oxidase polypeptide I+III / Uncharacterized protein / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Lyons, J.A. / Aragao, D. / Soulimane, T. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural Insights Into Electron Transfer in Caa3-Type Cytochrome Oxidases.
著者: Lyons, J.A. / Aragao, D. / Slattery, O. / Pisliakov, A.V. / Soulimane, T. / Caffrey, M.
履歴
登録2011年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Other
改定 1.22012年8月1日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Data collection
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / diffrn_source ...database_PDB_caveat / diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.82024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III
B: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
C: CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV
D: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III
E: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
F: CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,44127
ポリマ－268,0466
非ポリマー9,39521
水7,062392
1
D: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III
E: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
F: CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,00312
ポリマ－134,0233
非ポリマー3,9809
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17250 Å2
ΔGint-241.6 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA
2
A: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III
B: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
C: CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,43815
ポリマ－134,0233
非ポリマー5,41512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19680 Å2
ΔGint-237.7 kcal/mol
Surface area39040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.250, 76.030, 300.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 13:149 OR RESSEQ 151:341 OR RESSEQ...
211CHAIN D AND (RESSEQ 13:149 OR RESSEQ 151:341 OR RESSEQ...
112CHAIN B AND (RESSEQ 22:49 OR RESSEQ 52:64 OR RESSEQ...
212CHAIN E AND (RESSEQ 22:49 OR RESSEQ 52:64 OR RESSEQ...
113CHAIN C AND (RESSEQ 1:35 OR RESSEQ 37:39 OR RESSEQ 41:63 )
213CHAIN F AND (RESSEQ 1:35 OR RESSEQ 37:39 OR RESSEQ 41:63 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.19371, 0.77608, -0.60014), (0.76941, -0.25935, -0.58373), (-0.60867, -0.57483, -0.54689)42.19324, 25.23582, 63.46266
2given(-0.19028, 0.787, -0.58688), (0.77301, -0.24841, -0.58374), (-0.60519, -0.56473, -0.56109)41.01546, 25.30559, 64.80436
3given(-0.19782, 0.76694, -0.61047), (0.77547, -0.2585, -0.57605), (-0.5996, -0.58735, -0.5436)42.8886, 24.63366, 62.96182

-
要素

-
CYTOCHROME C OXIDASE ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III / CYTOCHROME C AA(3) SUBUNIT 1 / A-PROTEIN / CYTOCHROME CAA3CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I/III


分子量: 89281.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COVALENT LINK BETWEEN HIS 250 NE2 AND TYR 254 CE2
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P98005, シトクロムcオキシダーゼ
#2: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 / / CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IIC


分子量: 37387.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: COVALENT LINK BETWEEN CYS SG 247 AND HEC CAB 587 COVALENT LINK BETWEEN CYS SG 250 AND HEC CAC 587
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLI2, シトクロムcオキシダーゼ

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV / UNCHARACTERIZED PROTEIN TTHA1863


分子量: 7354.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: N-FORMYL GROUP ON MET 1
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SH67, シトクロムcオキシダーゼ

-
非ポリマー , 11種, 413分子

#4: 化合物 ChemComp-5PL / (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE


分子量: 1233.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C67H129N2O15P
#5: 化合物
ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6
#6: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物 ChemComp-4AG / (2R)-3-HYDROXYPROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE / SN-1,2-DIPALMITOYL DIACYLGLYCEROL / D-グリセロ-ル1,2-ジパルミタ-ト


分子量: 568.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68O5
#8: 化合物 ChemComp-7E8 / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE / 7.7 MAG


分子量: 300.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#11: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#12: 化合物 ChemComp-7E9 / 1,3-DIHYDROXYPROPAN-2-YL (Z)-TETRADEC-7-ENOATE


分子量: 300.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#13: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細HEME C (HEC): THIOETHER CROSSLINKS BETWEEN ATOMS CAB AND SG OF CYS 247 IN CHAINS B AND E. THIOETHER ...HEME C (HEC): THIOETHER CROSSLINKS BETWEEN ATOMS CAB AND SG OF CYS 247 IN CHAINS B AND E. THIOETHER CROSSLINKS BETWEEN ATOMS CAC AND SG OF CYS 250 IN CHAINS B AND E.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 21

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 % / 解説: NONE
結晶化手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 16-21% PEG 400, 0.1 M NA CITRATE PH 4.5-5.0, 0-0.1 M LITHIUM SULPHATE, 0.1 M NACL. CRYSTALLISED USING THE LIPIDIC CUBIC PHASE USING 7.7 MAG AS THE HOSTING LIPID.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 23-ID-B10.97777
シンクロトロンDiamond I242
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2010年6月17日TWO K-B PAIRS OF BIMORPH TYPE MIRRORS
MARRESEARCH2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→53.48 Å / Num. obs: 118251 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.36→2.49 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OCC

2occ


解像度: 2.36→77.179 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 5969 5.1 %
Rwork0.1712 --
obs0.1736 118243 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.021 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.392 Å20 Å2-3.4644 Å2
2--6.891 Å20 Å2
3----5.499 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→77.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18560 0 630 392 19582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00619884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08427125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5326758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043316
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5736X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D5736X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
21B2171X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E2171X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
31C474X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F474X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.38680.29991870.24593712X-RAY DIFFRACTION100
2.3868-2.41490.27812150.23373674X-RAY DIFFRACTION100
2.4149-2.44440.31922060.24523728X-RAY DIFFRACTION100
2.4444-2.47530.33261730.26023729X-RAY DIFFRACTION100
2.4753-2.50790.32092080.24433714X-RAY DIFFRACTION100
2.5079-2.54220.27521990.2123740X-RAY DIFFRACTION100
2.5422-2.57860.30271890.22153696X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.61710.25681670.20593785X-RAY DIFFRACTION100
2.6171-2.6580.25661960.193704X-RAY DIFFRACTION100
2.658-2.70150.25641950.17723741X-RAY DIFFRACTION100
2.7015-2.74810.25092220.18663680X-RAY DIFFRACTION100
2.7481-2.79810.27772110.18643733X-RAY DIFFRACTION100
2.7981-2.85190.24752050.17763694X-RAY DIFFRACTION100
2.8519-2.91010.22741920.16963763X-RAY DIFFRACTION100
2.9101-2.97340.24851950.17263719X-RAY DIFFRACTION100
2.9734-3.04260.2251940.16223742X-RAY DIFFRACTION100
3.0426-3.11870.23561900.16233708X-RAY DIFFRACTION100
3.1187-3.2030.20521930.15913754X-RAY DIFFRACTION100
3.203-3.29720.23192200.16753744X-RAY DIFFRACTION100
3.2972-3.40370.25941810.173735X-RAY DIFFRACTION100
3.4037-3.52530.23882160.16823754X-RAY DIFFRACTION100
3.5253-3.66650.2071850.16163735X-RAY DIFFRACTION100
3.6665-3.83330.22621730.16593777X-RAY DIFFRACTION100
3.8333-4.03540.20781950.16883769X-RAY DIFFRACTION100
4.0354-4.28820.2121980.17013749X-RAY DIFFRACTION100
4.2882-4.61930.18452070.16043756X-RAY DIFFRACTION100
4.6193-5.08410.18312080.14523782X-RAY DIFFRACTION100
5.0841-5.81950.1852080.15633778X-RAY DIFFRACTION100
5.8195-7.33110.18932060.17053809X-RAY DIFFRACTION100
7.3311-77.22020.19052350.16273870X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50540.15180.22050.21610.28710.62120.0652-0.0214-0.19440.08-0.0112-0.09140.2069-0.0164-0.05270.2056-0.025-0.02140.1139-0.00210.26828.5677-20.046496.113
20.1943-0.04590.16240.4925-0.08730.752-0.0258-0.06620.1767-0.0067-0.0605-0.2144-0.0923-0.03450.09150.12890.026-0.01760.1855-0.09490.227-5.03167.3808104.4646
30.11150.07990.21180.13280.15041.0639-0.0449-0.1386-0.0703-0.014-0.04530.1328-0.0776-0.32650.10720.20060.01170.0020.3836-0.06640.2524-20.782-6.676186.8437
41.09340.33840.06670.6547-0.35340.49010.1014-0.2486-0.0919-0.0707-0.1842-0.09490.0946-0.06370.06240.1185-0.01330.02170.1769-0.03420.088-21.3255-7.929975.6973
50.8756-0.0945-0.08040.32210.1070.3347-0.08610.25570.0048-0.0651-0.0341-0.0533-0.0538-0.00240.10280.19660.0078-0.02850.2047-0.03110.1502-17.0711-0.897257.7305
60.11090.1922-0.20440.3646-0.26820.69970.00110.0661-0.0245-0.00260.0908-0.05820.0483-0.2321-0.07450.4496-0.16940.1060.57910.05370.4879-11.8774-25.7291107.6305
70.0239-0.02030.02590.1752-0.16240.1654-0.0078-0.017-0.01920.0563-0.0092-0.0207-0.14560.01360.02090.8225-0.0713-0.12270.80330.20650.8185.6841-33.3691118.7888
80.30430.01290.30330.5991-0.62951.0039-0.038-0.1062-0.15210.0124-0.1669-0.2118-0.0607-0.03980.12540.4022-0.1532-0.03560.37750.19610.4787-9.073-32.3698101.9518
90.8472-0.00170.57230.53560.37011.2775-0.05370.3457-0.0473-0.1360.1223-0.0396-0.11160.2065-0.06320.1668-0.03480.00650.3337-0.01760.12-32.6823-19.080917.2182
100.2931-0.2071-0.4460.79190.55250.7722-0.09120.1302-0.1765-0.00910.193-0.39190.1370.2686-0.20730.46070.3115-0.15530.7764-0.49270.5815-7.6947-43.123213.3843
110.8659-0.3047-0.2130.2922-0.24760.63410.2109-0.03950.0854-0.2610.3174-0.15240.102-0.523-0.49650.6797-0.10710.10631.0225-0.07060.3667-28.3999-37.3942-16.1494
120.0670.06610.08480.08850.15340.24920.02260.0009-0.02290.07160.1507-0.13570.13120.0861-0.14830.67430.1422-0.23010.6438-0.26180.7651-22.177-49.072616.3434
130.53440.00060.12580.08990.180.4790.27740.3297-0.19780.03020.1583-0.20940.08830.5881-0.34980.17310.2071-0.16220.5075-0.20990.3485-3.2612-32.234240.6617
140.21920.00770.03530.18970.11560.06420.05490.1811-0.08270.11240.1226-0.2240.13560.3011-0.12080.29680.2863-0.19150.6333-0.31320.5188.4652-33.142242.903
150.16250.1952-0.12030.44830.04040.26230.14550.0118-0.19240.15840.0929-0.29230.12590.0126-0.20830.59850.0459-0.24790.7074-0.18420.682315.8036-13.93154.9677
160.2206-0.2570.21031.00970.49560.9770.12170.5891-0.0354-0.03430.4551-0.5640.10890.7295-0.49560.23910.0925-0.12750.8249-0.24490.44648.3574-17.883643.974
170.0219-0.09860.05940.99790.1460.57350.13590.5162-0.24990.08320.1434-0.53350.00650.8523-0.29670.29010.0671-0.07471.0164-0.29570.582213.2927-17.132142.4834
180.32170.3587-0.10890.87090.38720.59070.0689-0.0109-0.14250.3167-0.0493-0.32490.3218-0.07640.01780.564-0.0624-0.05160.41270.08630.4973-40.1977-39.926526.6871
190.0973-0.01530.07920.0412-0.03470.07750.0085-0.0023-0.0126-0.04340.0310.03050.0546-0.013-0.03970.4520.0301-0.0610.82080.06040.4384-56.3413-30.761514.5775
201.13560.1998-0.64910.80810.35380.65190.13480.31080.07590.18240.07760.02950.0972-0.56-0.1620.3246-0.06130.01630.62080.09610.3183-43.3035-32.272731.5478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 12:791)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 18:80)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 81:141)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 142:186)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 187:337)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESSEQ 1:22)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESSEQ 23:31)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESSEQ 32:64)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESSEQ 12:791)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN E AND (RESSEQ 19:63)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN E AND (RESSEQ 64:80)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN E AND (RESSEQ 81:109)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND (RESSEQ 110:204)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND (RESSEQ 205:229)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND (RESSEQ 230:246)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND (RESSEQ 247:296)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN E AND (RESSEQ 297:337)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND (RESSEQ 1:22)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN F AND (RESSEQ 23:31)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN F AND (RESSEQ 32:63)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る