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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y1w | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF COACTIVATOR ASSOCIATED ARGININE METHYLTRANSFERASE 1 (CARM1) IN COMPLEX WITH SINEFUNGIN AND INDOLE INHIBITOR | ||||||
要素 | HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HISTONE MODIFICATION (ヒストン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal ...: / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / nuclear receptor coactivator activity / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / lysine-acetylated histone binding / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / RMTs methylate histone arginines / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Circadian Clock / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sack, J.S. / Thieffine, S. / Bandiera, T. / Fasolini, M. / Duke, G.J. / Jayaraman, L. / Kish, K.F. / Klei, H.E. / Purandare, A.V. / Rosettani, P. ...Sack, J.S. / Thieffine, S. / Bandiera, T. / Fasolini, M. / Duke, G.J. / Jayaraman, L. / Kish, K.F. / Klei, H.E. / Purandare, A.V. / Rosettani, P. / Troiani, S. / Xie, D. / Bertrand, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis for Carm1 Inhibition by Indole and Pyrazole Inhibitors 著者: Sack, J.S. / Thieffine, S. / Bandiera, T. / Fasolini, M. / Duke, G.J. / Jayaraman, L. / Kish, K.F. / Klei, H.E. / Purandare, A.V. / Rosettani, P. / Troiani, S. / Xie, D. / Bertrand, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y1w.cif.gz | 282.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y1w.ent.gz | 237.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y1w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39479.910 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 135-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MM294(DE3) / 参照: UniProt: Q86X55, EC: 2.1.1.125 #2: 化合物 | ChemComp-SFG / #3: 化合物 | ChemComp-849 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 20-30% PEG 2000K, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2 M TRIMETHYLAMINE N-OXIDE DIHYDRATE. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 77014 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 30 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3576083.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.2643 Å2 / ksol: 0.330612 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.88 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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