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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xui | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MACHE-Y337A-TZ2PA6 SYN COMPLEX (1 WK) | |||||||||
要素 | ACETYLCHOLINESTERASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE FOLD / CLICK CHEMISTRY (クリックケミストリー) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline metabolic process / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / cholinesterase activity / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline metabolic process / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / cholinesterase activity / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / positive regulation of axonogenesis / 基底膜 / regulation of receptor recycling / laminin binding / side of membrane / synaptic cleft / synapse assembly / collagen binding / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / 核膜 / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / hydrolase activity / 細胞接着 / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Bourne, Y. / Radic, Z. / Taylor, P. / Marchot, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010 タイトル: Conformational Remodeling of Femtomolar Inhibitor-Acetylcholinesterase Complexes in the Crystalline State 著者: Bourne, Y. / Radic, Z. / Taylor, P. / Marchot, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xui.cif.gz | 429.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xui.ent.gz | 353.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xui.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xui | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 59672.395 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DECAMATHONIUM PARTIALLY BOUND IN CHAIN A / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BLACK6CBA CROSS F1 / 解説: LAMBDA-FIX CDNA, GENOMIC DNA / 器官: BRAIN (CDNA) / プラスミド: LAMBDA-ZAP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 200分子
#3: 化合物 | ChemComp-P6G / | ||
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#4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED配列の詳細 | EXPRESSED REGION IS RESIDUES 32-574. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25-35% (V/V) PEG 600 IN 50 - 100 MM HEPES, PH 6.0 - 7.0, OR WITH PEG-550 MME 30% (V/V) IN 50 MM NA ACETATE, PH 7.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 61576 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 66.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J06 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 18.291 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.941 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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