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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xnh | ||||||
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タイトル | Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 | ||||||
要素 | DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION (タンパク質間相互作用) / DNA REPAIR (DNA修復) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / 相同組換え / protein localization to site of double-strand break / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) ...BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / 相同組換え / protein localization to site of double-strand break / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA metabolic process / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / response to ionizing radiation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / DNA replication initiation / chromosome organization / protein serine/threonine kinase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / 紡錘体 / マイクロフィラメント / site of double-strand break / 染色体 / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / DNA修復 / 中心体 / DNA damage response / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011 タイトル: Structure and Function of the Rad9-Binding Region of the DNA-Damage Checkpoint Adaptor Topbp1. 著者: Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xnh.cif.gz | 125.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xnh.ent.gz | 105.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xnh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33861.984 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPINH8, PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q92547 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.68 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 6.8, 0.5M KI, 5% (V/V) GLYCEROL, 22.5% (W/V), 10% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→51.77 Å / Num. obs: 13035 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.93 % / Biso Wilson estimate: 54.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6.09 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.8→47.263 Å / SU ML: 1.16 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.687 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.263 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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