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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x5u | |||||||||
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タイトル | 80 microsecond Laue diffraction snapshot from crystals of a photosynthetic reaction centre without illumination. | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / LIPIDIC-SPONGE PHASE / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / CELL MEMBRANE (細胞膜) / METAL-BINDING / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / FORMYLATION / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / LIPIDS (脂質) / TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / 光合成 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wohri, A.B. / Katona, G. / Johansson, L.C. / Fritz, E. / Malmerberg, E. / Andersson, M. / Vincent, J. / Eklund, M. / Cammarata, M. / Wulff, M. ...Wohri, A.B. / Katona, G. / Johansson, L.C. / Fritz, E. / Malmerberg, E. / Andersson, M. / Vincent, J. / Eklund, M. / Cammarata, M. / Wulff, M. / Davidsson, J. / Groenhof, G. / Neutze, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: Light-induced structural changes in a photosynthetic reaction center caught by Laue diffraction. 著者: Wohri, A.B. / Katona, G. / Johansson, L.C. / Fritz, E. / Malmerberg, E. / Andersson, M. / Vincent, J. / Eklund, M. / Cammarata, M. / Wulff, M. / Davidsson, J. / Groenhof, G. / Neutze, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x5u.cif.gz | 257.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x5u.ent.gz | 204.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x5u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#1: タンパク質 | 分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P07173 |
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-REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 HLM
#2: タンパク質 | 分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P06008 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30600.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009 |
#4: タンパク質 | 分子量: 36063.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) BLASTOCHLORIS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P06010 |
-非ポリマー , 5種, 12分子
#5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 化合物 | ChemComp-BCB / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #9: 化合物 | ChemComp-MQ7 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: MONOOLEIN WAS MIXED WITH 0.1M HEPES PH 8.1, 0.1% LDAO IN 60:40 (W/W) RATIO. THEN THE CUBIC PHASE WAS MIXED WITH 16% JEFFAMINE M600, 1M HEPES PH 8.1, 0.7M AMMONIUM SULFATE, 2.5% 1,2,3- ...詳細: MONOOLEIN WAS MIXED WITH 0.1M HEPES PH 8.1, 0.1% LDAO IN 60:40 (W/W) RATIO. THEN THE CUBIC PHASE WAS MIXED WITH 16% JEFFAMINE M600, 1M HEPES PH 8.1, 0.7M AMMONIUM SULFATE, 2.5% 1,2,3-HEPTANETRIOL IN 1 TO 4 RATIO AND EQUILIBRATED UNTIL PHASE SEPARATION OCCURED. THE UPPER LIPIDIC-SPONGE PHASE WAS HARVESTED AND 1UL WAS USED AS A PRECIPITANT SOLUTION TOGETHER WITH 1UL OF 25 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN A HANGING-DROP, VAPOUR-DIFFUSION EXPERIMENT. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.8-1.1 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月12日 | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→61.8 Å / Num. obs: 40855 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 75.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WJN 解像度: 3→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.799 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.746 / SU B: 21.167 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.866 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→48.78 Å
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拘束条件 |
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