PDB-2wt8: Structure of the N-terminal BRCT domain of human microcephalin (Mcph1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wt8

タイトル

Structure of the N-terminal BRCT domain of human microcephalin (Mcph1)

要素

MICROCEPHALIN

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / CHROMOSOME CONDENSATION /

DWARFISM (小人症) / POLYMORPHISM / MICROCEPHALY /

PHOSPHOPROTEIN /

MENTAL RETARDATION (知的障害) / PRIMARY MICROCEPHALY

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of chromosome condensation / neuronal stem cell population maintenance /

regulation of centrosome cycle / protein localization to centrosome / establishment of mitotic spindle orientation / Condensation of Prophase Chromosomes /

骨 / cerebral cortex development / mitotic cell cycle /

regulation of inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Richards, M.W. / Roe, S.M. / Bayliss, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A Pocket on the Surface of the N-Terminal Brct Domain of Mcph1 is Required to Prevent Abnormal Chromosome Condensation.
著者: Richards, M.W. / Leung, J.W.C. / Roe, S.M. / Chen, J. / Bayliss, R.

履歴

登録	2009年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wt8.cif.gz	162.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wt8.ent.gz	137 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fcf-d 5i7z-d 5iri-1 2rn4-d 2zib-d 3g19-d 3crd-d 4q3h-1 2lrj-d 1ljo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MICROCEPHALIN

B: MICROCEPHALIN

C: MICROCEPHALIN

D: MICROCEPHALIN

ヘテロ分子

43.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MICROCEPHALIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MICROCEPHALIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: MICROCEPHALIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: MICROCEPHALIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.955, 34.215, 84.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MICROCEPHALIN / 分子量: 10818.010 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL BRCT DOMAIN, RESIDUES 1-95 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): CODONPLUS RPIL / 参照: UniProt: Q8NEM0
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL GA FROM VECTOR SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.77 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 100 MM MES, PH 6.0, 18% PEG 6000, 200 MM NH4CL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45.27 Å / Num. obs: 56453 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→45.248 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2221	2771	5.1 %
R_work	0.1902	-	-
obs	0.1918	54743	96.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.822 Å² / k_sol: 0.357 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0614 Å²	-0 Å²	1.7023 Å²
2-	-	-2.4975 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.1416 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.248 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2947	0	9	469	3425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	4105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.175	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	509

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6276	0.2883	109	0.2344	2445	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6276-1.6572	0.2792	147	0.2213	2376	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6572-1.6891	0.2339	135	0.2098	2440	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6891-1.7236	0.2459	136	0.2075	2475	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7236-1.7611	0.3088	131	0.2104	2492	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7611-1.802	0.2432	138	0.1943	2557	X-RAY DIFFRACTION	95
1.802-1.8471	0.2049	124	0.1854	2521	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8471-1.897	0.2169	123	0.1894	2613	X-RAY DIFFRACTION	96
1.897-1.9529	0.2283	145	0.1901	2561	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9529-2.0159	0.2171	145	0.1812	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0159-2.0879	0.2067	136	0.1753	2590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0879-2.1715	0.2154	138	0.1759	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1715-2.2704	0.2527	145	0.1833	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2704-2.3901	0.207	139	0.1948	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3901-2.5398	0.2108	146	0.1931	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5398-2.7359	0.2479	137	0.199	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7359-3.0111	0.2306	154	0.1985	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0111-3.4467	0.2246	135	0.1873	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4467-4.3419	0.1784	149	0.1607	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3419-45.2663	0.1915	159	0.1777	2797	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9041	0.4031	0.0885	1.3629	0.2558	1.6812	0.0096	0.0934	0.081	-0.0002	-0.0066	0.0975	0.0462	0.043	-0.0143	0.0318	0.0162	-0.0002	0.0775	-0.0012	0.0857	51.1641	-2.5365	3.0511
2	1.4172	-0.9849	-0.5728	1.5252	0.4896	1.812	0.0604	-0.1221	0.0156	-0.1139	-0.0048	-0.1268	-0.0651	0.0257	-0.0535	0.0784	-0.0009	0.0014	0.1108	0.0102	0.1507	69.4842	14.3632	-1.9077
3	5.3715	-2.3746	-0.5952	2.2307	0.2462	1.8571	-0.4252	-0.3251	-0.054	0.0336	0.3755	-0.0867	-0.1634	-0.0245	0.0469	0.2282	0.0459	0.0131	0.1363	-0.0256	0.115	46.6127	13.1803	30.7677
4	1.3828	0.0983	-1.0172	0.4807	0.1487	2.59	-0.0326	0.015	0.0516	0.0732	0.0208	-0.0816	-0.1313	-0.0706	0.0059	0.2772	-0.0228	-0.0003	0.1377	-0.0046	0.1631	91.2298	12.776	29.7056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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関連情報:EMDBヘッダ

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