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- PDB-2wk1: Structure of the O-methyltransferase NovP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wk1
タイトルStructure of the O-methyltransferase NovP
要素NOVP
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / NOVP / O-METHYLTRANSFERASE / NOVOBIOCIN / TYLF SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


demethyldecarbamoylnovobiocin O-methyltransferase / novobiocin biosynthetic process / methyltransferase activity / メチル化 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Macrocin-O-methyltransferase (TylF) / Macrocin-O-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / Demethyldecarbamoylnovobiocin O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CAERULEUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Gomez Garcia, I. / Stevenson, C.E.M. / Uson, I. / Freel Meyers, C.L. / Walsh, C.T. / Lawson, D.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Crystal Structure of the Novobiocin Biosynthetic Enzyme Novp: The First Representative Structure for the Tylf O-Methyltransferase Superfamily.
著者: Gomez Garcia, I. / Stevenson, C.E.M. / Uson, I. / Freel Meyers, C.L. / Walsh, C.T. / Lawson, D.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the O-Methyltransferase Novp from the Novobiocin-Biosynthetic Cluster of Streptomyces Spheroides.
著者: Stevenson, C.E.M. / Freel Meyers, C.L. / Walsh, C.T. / Lawson, D.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure Determination of the O-Methyltransferase Novp Using the 'Free Lunch Algorithm' as Implemented in Shelxe.
著者: Uson, I. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NOVP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8766
ポリマ－32,1751
非ポリマー7015
水4,360242
1
A: NOVP
ヘテロ分子

A: NOVP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,75212
ポリマ－64,3502
非ポリマー1,40110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3090 Å2
ΔGint-44.2 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.813, 46.038, 61.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.97, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2154-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NOVP / O-METHYLTRANSFERASE NOVP


分子量: 32175.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULPHIDE BRIDGE BETWEEN CYS228 AND CYS231
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CAERULEUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9L9F2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 2 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM HEPES BUFFER PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→36.3 Å / Num. obs: 54638 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VID

1vid


解像度: 1.4→34.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.321 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DATA WERE COLLECTED TO A MAXIMUM RESOLUTION OF 1.35 ANGSTROM, BUT WERE NOT VERY COMPLETE IN THE OUTER RESOLUTION SHELL, SO ONLY THE DATA TO ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DATA WERE COLLECTED TO A MAXIMUM RESOLUTION OF 1.35 ANGSTROM, BUT WERE NOT VERY COMPLETE IN THE OUTER RESOLUTION SHELL, SO ONLY THE DATA TO 1.4 ANGSTROM RESOLUTION WERE USED FOR THE REFINEMENT. HOWEVER, THE STRUCTURE WAS SOLVED USING ALL AVAILABLE NATIVE DATA INCLUDING THREE OTHER NATIVE DATA SETS COLLECTED AT LOWER RESOLUTIONS. THIS MERGED NATIVE DATA SET HAS ALSO BEEN DEPOSITED. SEE REFERENCE 2 (USON ET AL., 2007) FOR FURTHER DETAILS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 2795 5.16 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.146 54636 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.223 Å20 Å2-0.005 Å2
2--0.132 Å20 Å2
3----0.358 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1934 0 44 242 2220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211986
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9742698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.835240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.79323.33399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55115309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2590.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3940.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.6350.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4970.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2940.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3911.51199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5851.5492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.30121924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4473787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0414.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.4933315
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.5083328
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.44633302
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 188 -
Rwork0.395 3485 -
obs--90.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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