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- PDB-2w2c: STRUCTURE OF THE TETRADECAMERIC OLIGOMERISATION DOMAIN OF CALCIUM... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2w2c
タイトルSTRUCTURE OF THE TETRADECAMERIC OLIGOMERISATION DOMAIN OF CALCIUM- CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE II DELTA
要素CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / KINASE (キナーゼ) / ATP-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of relaxation of cardiac muscle / regulation of cellular localization / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / regulation of cell communication by electrical coupling / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of the force of heart contraction / Trafficking of AMPA receptors ...regulation of relaxation of cardiac muscle / regulation of cellular localization / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / regulation of cell communication by electrical coupling / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of the force of heart contraction / Trafficking of AMPA receptors / cardiac muscle cell contraction / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / sodium channel inhibitor activity / calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of heart contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / relaxation of cardiac muscle / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / regulation of cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane depolarization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases / 長期増強 / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / titin binding / Ion homeostasis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of cell growth / peptidyl-threonine phosphorylation / RAF activation / 筋鞘 / Signaling by RAF1 mutants / endocytic vesicle membrane / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / transmembrane transporter binding / protein autophosphorylation / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / : / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Rellos, P. / Sethi, R. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Shrestha, L. / Roos, A. / Murray, J.W. / von Delft, F. / Edwards, A. ...Pike, A.C.W. / Rellos, P. / Sethi, R. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Shrestha, L. / Roos, A. / Murray, J.W. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Camkiidelta/Calmodulin Complex Reveals the Molecular Mechanism of Camkii Kinase Activation.
著者: Rellos, P. / Pike, A.C.W. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Lee, W.H. / von Delft, F. / Knapp, S.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
B: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
C: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
D: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
E: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
F: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
G: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
H: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
I: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
J: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
K: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
L: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
M: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
N: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,30334
ポリマ－229,80214
非ポリマー1,50120
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34340 Å2
ΔGint-224.4 kcal/mol
Surface area76090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.546, 117.803, 160.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31E
41F
51G
61H
71I
81J
91K
101L
111N
12B
22C
32M

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALALAALAAA343 - 40212 - 71
211VALVALALAALADD343 - 40212 - 71
311VALVALALAALAEE343 - 40212 - 71
411VALVALALAALAFF343 - 40212 - 71
511VALVALALAALAGG343 - 40212 - 71
611VALVALALAALAHH343 - 40212 - 71
711VALVALALAALAII343 - 40212 - 71
811VALVALALAALAJJ343 - 40212 - 71
911VALVALALAALAKK343 - 40212 - 71
1011VALVALALAALALL343 - 40212 - 71
1111VALVALALAALANN343 - 40212 - 71
121PROPROGLYGLYAA409 - 47178 - 140
221PROPROGLYGLYDD409 - 47178 - 140
321PROPROGLYGLYEE409 - 47178 - 140
421PROPROGLYGLYFF409 - 47178 - 140
521PROPROGLYGLYGG409 - 47178 - 140
621PROPROGLYGLYHH409 - 47178 - 140
721PROPROGLYGLYII409 - 47178 - 140
821PROPROGLYGLYJJ409 - 47178 - 140
921PROPROGLYGLYKK409 - 47178 - 140
1021PROPROGLYGLYLL409 - 47178 - 140
1121PROPROGLYGLYNN409 - 47178 - 140
112VALVALALAALABB343 - 40212 - 71
212VALVALALAALACC343 - 40212 - 71
312VALVALALAALAMM343 - 40212 - 71
122PROPROGLYGLYBB409 - 47178 - 140
222PROPROGLYGLYCC409 - 47178 - 140
322PROPROGLYGLYMM409 - 47178 - 140

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.7916, 0.5866, -0.1711), (-0.5834, 0.6421, -0.4973), (-0.1819, 0.4935, 0.8505)-19.84, 15.22, -16.87
2given(0.1844, 0.03081, 0.9824), (-0.006621, -0.9994, 0.03258), (0.9828, -0.01251, -0.1841)-61.56, 69.51, 73.36
3given(0.2991, 0.7453, -0.5959), (-0.7485, -0.2041, -0.631), (-0.5919, 0.6347, 0.4968)-23.92, 45.16, -20.28
4given(-0.9395, 0.3386, 0.05218), (0.3395, 0.9001, 0.273), (0.04548, 0.2742, -0.9606)-71.19, 3.25, 65.84
5given(0.7566, -0.6271, -0.1853), (0.6225, 0.6039, 0.4978), (-0.2003, -0.492, 0.8473)23.16, 13.88, 17.45
6given(-0.114, 0.3524, -0.9289), (-0.3235, -0.8972, -0.3007), (-0.9393, 0.2662, 0.2162)-9.131, 69, -7.691
7given(0.2345, -0.7563, -0.6108), (0.7526, -0.2565, 0.6065), (-0.6153, -0.6019, 0.509)28.86, 44.59, 21.42
8given(-0.1313, -0.3184, -0.9388), (0.3311, -0.9067, 0.2612), (-0.9344, -0.2766, 0.2245)14.47, 67.65, 11.12
9given(-0.9342, -0.3526, 0.05505), (-0.353, 0.8907, -0.2863), (0.0519, -0.2869, -0.9566)-45.48, 4.558, 85.76
10given(-0.4887, -0.7754, 0.3998), (-0.7717, 0.1705, -0.6127), (0.407, -0.608, -0.6817)-29.36, 31.1, 96.86
11given(-0.01471, -0.5892, 0.8078), (-0.6021, -0.6398, -0.4777), (0.7983, -0.4934, -0.3453)-38.65, 59.02, 91.13
12given(-0.05365, 0.6156, 0.7862), (0.6012, -0.6087, 0.5177), (0.7973, 0.5005, -0.3375)-81.86, 55.11, 56.39
13given(-0.5685, 0.74, 0.3595), (0.7284, 0.2497, 0.638), (0.3823, 0.6245, -0.681)-85.27, 24.46, 52.93

-
要素

#1: タンパク質
CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CHAIN / CALCIUM CAMOLDULIN DEPENDENT KINASE 2D


分子量: 16414.443 Da / 分子数: 14 / 断片: OLIGOMERISATION DOMAIN, RESIDUES 334-475 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q13557, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 30% PEG400, 0.1M CADMIUM CHLORIDE, 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97888
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.86 Å / Num. obs: 323492 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 84.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0055精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1HKX,2UX0,2F86

1hkx

2ux0

2f86


解像度: 2.7→44.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 24.45 / SU ML: 0.225 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.619 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. A BOUND ACETATE ION HAS BEEN MODELLED IN EACH MONOMER HOWEVER THE DIFFERENCE DENSITY SUGGESTS THAT THE TRUE BOUND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. A BOUND ACETATE ION HAS BEEN MODELLED IN EACH MONOMER HOWEVER THE DIFFERENCE DENSITY SUGGESTS THAT THE TRUE BOUND MOIETY IS A LARGER CARBOXYLATE CONTAINING ENTITY. STRONG DIFFERENCE DENSITY BETWEEN SYMMETRY-RELATED OLIGOMERIC RINGS HAS BEEN MODELLED BY PARTIALLY-OCCUPIED CADMIUM IONS WHICH WERE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2134 3 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 68546 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å20 Å2-1.9 Å2
2---2.28 Å20 Å2
3---2.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13912 0 62 93 14067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02114290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.91819397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.898322274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4851759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30424.193737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.463152135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6931581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6081.58893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.198214162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08235397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5084.55235
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1556tight positional0.040.05
12D1556tight positional0.040.05
13E1556tight positional0.040.05
14F1556tight positional0.030.05
15G1556tight positional0.030.05
16H1556tight positional0.040.05
17I1556tight positional0.040.05
18J1556tight positional0.030.05
19K1556tight positional0.040.05
110L1556tight positional0.040.05
111N1556tight positional0.030.05
21B1598tight positional0.050.05
22C1598tight positional0.040.05
23M1598tight positional0.040.05
11A1556tight thermal1.845
12D1556tight thermal1.825
13E1556tight thermal1.65
14F1556tight thermal1.55
15G1556tight thermal1.145
16H1556tight thermal1.165
17I1556tight thermal1.25
18J1556tight thermal1.435
19K1556tight thermal1.675
110L1556tight thermal1.955
111N1556tight thermal1.615
21B1598tight thermal1.485
22C1598tight thermal1.625
23M1598tight thermal2.155
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.369 176
Rwork0.377 4950
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.82051.41730.4344.4545-0.26064.3508-0.24290.44470.3185-0.50940.03480.0792-0.38240.01930.20810.15630.01010.00040.09220.0260.043-42.543263.951112.6764
23.6650.22930.4044.3511-0.55214.29960.03570.581-0.0292-0.44650.06460.03020.1588-0.028-0.10040.0849-0.0280.03820.1561-0.04070.0564-51.777832.63864.6694
34.2473-0.85890.83854.122-0.53885.87830.0731-0.122-0.33260.34870.07010.53290.1309-0.5968-0.14320.07-0.03070.07550.19850.03940.145-55.97747.129930.0281
42.3457-0.69170.07064.951-1.36095.26150.19440.2298-0.4104-0.3743-0.09890.00990.45710.2024-0.09550.11710.04640.00880.0973-0.04880.1163-38.99083.59215.4671
54.9044-1.4330.23354.2869-0.41253.6292-0.0935-0.70330.14280.8637-0.142-0.0082-0.4031-0.07590.23550.2943-0.06270.01490.20020.00160.0517-8.524349.712169.0274
65.0127-0.62140.30133.0232-0.26155.1166-0.02070.53410.4533-0.2039-0.1053-0.3165-0.42310.32480.1260.1799-0.0323-0.04220.10750.08820.2036-17.553773.464633.0343
74.23290.8156-0.3172.91570.88964.56170.14350.2657-0.4357-0.13680.1111-0.60230.58550.5074-0.25460.17420.1222-0.07550.1272-0.05760.3195-13.7753-1.748236.7319
84.8186-1.79690.02626.6483-0.50444.3855-0.00370.28620.2042-0.0076-0.3379-0.6312-0.33310.6430.34150.0802-0.09090.01250.22130.13320.20133.250954.180450.7229
93.8513-0.05670.22424.93411.22695.39090.15930.31-0.07320.10780.0085-0.9204-0.060.6302-0.16780.01650.0123-0.00440.1797-0.07340.45494.635221.157952.9381
105.5296-0.22350.31022.5454-0.2794.5847-0.0678-0.45640.34170.6409-0.02870.2682-0.4806-0.20150.09650.3313-0.00590.00990.0974-0.09870.1614-27.993772.335352.9332
115.16361.43510.14845.63730.51594.1634-0.0331-0.47790.3280.3104-0.18530.4708-0.4515-0.56450.21840.1810.08160.0940.2158-0.0830.1564-53.23466.476332.2959
124.14020.5754-0.48225.5484-0.92255.15910.1948-0.370.17870.34240.07460.4104-0.1416-0.8634-0.26930.05060.03230.06010.29040.0490.0778-65.428237.832622.0234
134.82-0.36520.75452.78340.33454.06960.2701-0.4789-0.55670.5008-0.03210.14890.5616-0.3773-0.23810.2986-0.1019-0.05040.09660.08720.2119-31.653-2.547550.4661
142.7661-0.55180.06664.62680.66873.35880.1637-0.4747-0.06790.8944-0.0507-0.01980.3792-0.2787-0.11290.2946-0.0362-0.0290.15390.03630.206-10.790215.794367.6527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A339 - 471
2X-RAY DIFFRACTION2B340 - 471
3X-RAY DIFFRACTION3C341 - 471
4X-RAY DIFFRACTION4D342 - 471
5X-RAY DIFFRACTION5E338 - 471
6X-RAY DIFFRACTION6F341 - 471
7X-RAY DIFFRACTION7G341 - 471
8X-RAY DIFFRACTION8H339 - 471
9X-RAY DIFFRACTION9I338 - 471
10X-RAY DIFFRACTION10J342 - 471
11X-RAY DIFFRACTION11K342 - 471
12X-RAY DIFFRACTION12L340 - 471
13X-RAY DIFFRACTION13M343 - 471
14X-RAY DIFFRACTION14N336 - 471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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