PDB-2w27: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS YKUI PROTEIN, WITH AN ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w27

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS YKUI PROTEIN, WITH AN EAL DOMAIN, IN COMPLEX WITH SUBSTRATE C-DI-GMP AND CALCIUM

要素

YKUI PROTEIN

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI / MCSG /

EAL DOMAIN / YKUI PROTEIN /

CYCLIC DI-GMP

機能・相同性

機能・相同性情報

YkuI, C-terminal / EAL-domain associated signalling protein domain /

EAL domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Putative diguanylate phosphodiesterase /

EAL domain / EAL domain superfamily /

EAL domain / EAL domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Padavattan, S. / AndERSON, W.F. / Schirmer, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Ykui and its Complex with Second Messenger C-Di-Gmp Suggests Catalytic Mechanism of Phosphodiester Bond Cleavage by Eal Domains.
著者: Minasov, G. / Padavattan, S. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Miller, D.J. / Basle, A. / Massa, C. / Collart, F.R. / Schirmer, T. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2008年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Advisory / Data collection / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w27.cif.gz	179.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w27.ent.gz	140.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/2w27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/2w27	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2basSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bas-d 2bxk-d 6wuw-1 4bke-d 6wuw-2 6l4k-1 5yb1-2 1e7c-d 5wai-2 5gix-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YKUI PROTEIN

B: YKUI PROTEIN

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.167, 124.521, 168.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	2 - 36	26 - 60
2	1	1	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	2 - 36	26 - 60
1	2	1	ILE	ILE	GLU	GLU	A	A	38 - 58	62 - 82
2	2	1	ILE	ILE	GLU	GLU	B	B	38 - 58	62 - 82
1	3	1	TYR	TYR	ASN	ASN	A	A	60 - 66	84 - 90
2	3	1	TYR	TYR	ASN	ASN	B	B	60 - 66	84 - 90
1	4	1	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	68 - 114	92 - 138
2	4	1	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	68 - 114	92 - 138
1	5	1	LEU	LEU	GLU	GLU	A	A	116 - 125	140 - 149
2	5	1	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	116 - 125	140 - 149
1	6	1	ALA	ALA	SER	SER	A	A	204 - 237	228 - 261
2	6	1	ALA	ALA	SER	SER	B	B	204 - 237	228 - 261
1	7	1	THR	THR	LEU	LEU	A	A	239 - 241	263 - 265
2	7	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	239 - 241	263 - 265
1	8	1	ARG	ARG	LYS	LYS	A	A	243 - 262	267 - 286
2	8	1	ARG	ARG	LYS	LYS	B	B	243 - 262	267 - 286
1	1	2	LYS	LYS	ARG	ARG	A	A	264 - 287	288 - 311
2	1	2	LYS	LYS	ARG	ARG	B	B	264 - 287	288 - 311
1	2	2	TYR	TYR	THR	THR	A	A	313 - 323	337 - 347
2	2	2	TYR	TYR	THR	THR	B	B	313 - 323	337 - 347
1	3	2	LYS	LYS	PRO	PRO	A	A	342 - 384	366 - 408
2	3	2	LYS	LYS	PRO	PRO	B	B	342 - 384	366 - 408
1	4	2	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	386 - 391	410 - 415
2	4	2	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	386 - 391	410 - 415
1	1	3	HIS	HIS	TYR	TYR	A	A	126 - 136	150 - 160
2	1	3	HIS	HIS	TYR	TYR	B	B	126 - 136	150 - 160
1	2	3	MET	MET	ASP	ASP	A	A	138 - 152	162 - 176
2	2	3	MET	MET	ASP	ASP	B	B	138 - 152	162 - 176
1	3	3	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	166 - 178	190 - 202
2	3	3	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	166 - 178	190 - 202
1	4	3	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	199 - 203	223 - 227
2	4	3	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	199 - 203	223 - 227
1	1	4	PHE	PHE	ARG	ARG	A	A	297 - 311	321 - 335
2	1	4	PHE	PHE	ARG	ARG	B	B	297 - 311	321 - 335
1	2	4	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	326 - 332	350 - 356
2	2	4	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	326 - 332	350 - 356
1	3	4	ILE	ILE	TYR	TYR	A	A	334 - 335	358 - 359
2	3	4	ILE	ILE	TYR	TYR	B	B	334 - 335	358 - 359
1	4	4	5GP	5GP	CA	CA	A	C - E	501 - 503
2	4	4	5GP	5GP	CA	CA	B	F - H	501 - 503

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	YKUI PROTEIN 分子量: 50751.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35014
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUE -23, INITIAL MET, RESIDUES -22 TO -17, HIS TAG, RESIDUES -16 TO 0, CLONING ARTIFACT, SAME ...RESIDUE -23, INITIAL MET, RESIDUES -22 TO -17, HIS TAG, RESIDUES -16 TO 0, CLONING ARTIFACT, SAME AS IN ENTRY 2BAS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M SODIUM ACETATE THRIHYDRATE, 0.1M IMIDAZOLE, 0.1M TRIS HYDROCHLORIDE, 28% PEG 4000, 3% GLYCEROL, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→69.84 Å / Num. obs: 21459 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.41 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.83 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BAS

2bas

解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 49.154 / SU ML: 0.423 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.471 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	1046	4.9 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.228	20362	86.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6634	0	94	7	6735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.981	9211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	11180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.846	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.395	24.579	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.174	15	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.567	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	4681
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.303	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.257	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.306	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.905	1.5	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.148	1.5	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.401	2	6362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.281	3	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.431	4.5	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2418	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	1210	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	584	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	404	tight positional	0.03	0.05
4	2	B	404	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	2418	tight thermal	0.08	0.5
2	1	A	1210	tight thermal	0.11	0.5
3	1	A	584	tight thermal	0.11	0.5
4	1	A	404	tight thermal	0.09	0.5
4	2	B	404	tight thermal	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.429	60	-
R_work	0.367	1103	-
obs	-	-	63.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2685	-0.1844	-1.4446	1.5212	1.745	8.2056	-0.2029	-0.1559	0.1845	0.4691	0.0203	0.1432	0.8403	-0.1979	0.1826	-0.0234	-0.0133	0.0748	0.4039	-0.0365	-0.3507	24.659	59.306	84.317
2	3.764	1.3042	-1.2512	3.3273	0.5871	4.3782	-0.0871	0.2883	-0.1579	-0.3362	-0.1253	0.1721	0.4185	-0.0839	0.2124	-0.507	0.0492	-0.0082	0.4066	-0.0432	-0.4078	27.717	55.994	38.684
3	0.8997	0.871	-0.5997	7.306	-0.1366	1.7463	0.1534	-0.138	0.3868	0.2118	-0.0658	0.0956	-0.4658	0.036	-0.0877	-0.4226	-0.0025	0.0281	0.4533	-0.0164	-0.2903	36.799	84.271	54.062
4	1.6612	1.3526	-0.5321	6.3863	-0.2851	2.1197	-0.1427	-0.1169	-0.3194	0.8153	0.0404	-0.4285	1.5434	0.314	0.1023	0.4154	0.1904	-0.0025	0.5453	0.0325	-0.2749	38.609	39.145	61.109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 250
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 503
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	251 - 400
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	501 - 503
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	251 - 406

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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