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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vkt | ||||||
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タイトル | HUMAN CTP SYNTHETASE 2 - GLUTAMINASE DOMAIN | ||||||
要素 | CTP SYNTHASE 2CTP synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE / SGC / CTPS2 / CTP SYNTHTETASE / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / GLUTAMINASE DOMAIN (グルタミナーゼ) / NUCLEOTIDE METABOLISM (ヌクレオチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoophidium / CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding ...cytoophidium / CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Herman, M.D. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Human Ctp Synthetase 2 - Glutaminase Domain 著者: Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Herman, ...著者: Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Herman, M.D. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Nordlund, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vkt.cif.gz | 64.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vkt.ent.gz | 45.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vkt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1vcoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32623.615 Da / 分子数: 1 / 断片: GLUTAMINASE DOMAIN, RESIDUES 297-562 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE 参照: UniProt: Q9NRF8, CTP synthase (glutamine hydrolysing) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE FIRST SER AND MET IN THE STRUCTURE IS FROM THE TAG AND CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES PH 7, 26% POLYACRYLIC ACID 5100, 0.02 M MGCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月2日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 13231 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1VCO 解像度: 2.5→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 8.303 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FIRST SER AND MET IN THE STRUCTURE ARE FROM THE N- -TERMINAL TAG AND COORESPONDS TO LEU AND GLU IN REAL SEQUENCE. RESIDUES BEWTEEN 440 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FIRST SER AND MET IN THE STRUCTURE ARE FROM THE N- -TERMINAL TAG AND COORESPONDS TO LEU AND GLU IN REAL SEQUENCE. RESIDUES BEWTEEN 440 AND 446 ARE NOT VISIBLE.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.98 Å
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拘束条件 |
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