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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vea | ||||||
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タイトル | The complete sensory module of the cyanobacterial phytochrome Cph1 in the Pr-state. | ||||||
要素 | PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ARGININE FINGER / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / TANDEM GAF DOMAIN / KNOT (結び目) / KINASE (キナーゼ) / RECEPTOR (受容体) / PAS DOMAIN / CHROMOPHORE (発色団) / SENSORY TRANSDUCTION / PHOTORECEPTOR PROTEIN / BILIN-LIKE CHROMOPHORE / PHYTOCHROME (フィトクロム) / PHOTORECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to red or far red light / red or far-red light photoreceptor activity / red, far-red light phototransduction / protein histidine kinase activity / detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein autophosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SYNECHOCYSTIS SP. PCC 6803 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Essen, L.-O. / Mailliet, J. / Hughes, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: The Structure of a Complete Phytochrome Sensory Module in the Pr Ground State. 著者: Essen, L.-O. / Mailliet, J. / Hughes, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vea.cif.gz | 105.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vea.ent.gz | 85.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vea.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2vea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2vea | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58765.488 Da / 分子数: 1 / 断片: SENSORY MODULE, RESIDUES 1-514 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THIOETHER LINKAGE BETWEEN C259 AND C3(1) ATOM OF PHYCOCYANOBILIN CHROMOPHORE 由来: (組換発現) SYNECHOCYSTIS SP. PCC 6803 (バクテリア) プラスミド: P926.5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / Variant (発現宿主): P45.2 / 参照: UniProt: Q55168 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CYC / | ||
#3: 水 | ChemComp-HOH / | ||
非ポリマーの詳細 | PHYCOCYANO配列の詳細 | TRANSMITTE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % 解説: DUE TO STRONG ANISOTROPISM OF THE CRYSTALS, DIFFRACTION DATA WERE RESCALED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER. THE FOLLOWING ANISOTROPIC CORRECTION WAS APPLIED TO THE NATIVE DATASETS, ...解説: DUE TO STRONG ANISOTROPISM OF THE CRYSTALS, DIFFRACTION DATA WERE RESCALED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER. THE FOLLOWING ANISOTROPIC CORRECTION WAS APPLIED TO THE NATIVE DATASETS, VALUES GIVEN IN SQUARE- ANGSTROM, -35.88,-35.88,17.94. THE COMPLETENESS OF THE NATIVE DATASET AT 2.7 ANGSTROM RESOLUTION WAS 98.5 PERCENT |
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結晶化 | pH: 6.7 詳細: TETRAGONAL CRYSTALS OF THE CPH1 PR STATE WERE GROWN IN 96-WELL CRYSTALLIZATION PLATES USING DROPS COMPRISING 500 NL 10 MG/ML CPH1-DELTA2 IN 2.5 MM TRIS/HCL PH 7.8, 15 MM NACL PLUS 500 NL ...詳細: TETRAGONAL CRYSTALS OF THE CPH1 PR STATE WERE GROWN IN 96-WELL CRYSTALLIZATION PLATES USING DROPS COMPRISING 500 NL 10 MG/ML CPH1-DELTA2 IN 2.5 MM TRIS/HCL PH 7.8, 15 MM NACL PLUS 500 NL RESERVOIR SOLUTION (2.1 M SODIUM ACETATE, PH 6.7). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 26939 / % possible obs: 67.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 6.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.21→24.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 21.506 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.PHYTOCHROME CRYSTAL IS IN THE PR STATE. DISORDERED LOOP REGIONS (Q73-R80, G100-D101, R148-Q150, E463- G465) ARE NOT INCLUDED IN MODEL.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→24.68 Å
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拘束条件 |
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