[日本語] English
万見
- PDB-3zq5: Structure of the Y263F mutant of the cyanobacterial phytochrome Cph1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zq5
タイトルStructure of the Y263F mutant of the cyanobacterial phytochrome Cph1
要素PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH1
キーワードTRANSFERASE / ARGININE FINGER / TANDEM GAF DOMAIN / RECEPTOR / PAS DOMAIN / CHROMOPHORE / SENSORY TRANSDUCTION / PHOTORECEPTOR PROTEIN / BILIN-LIKE CHROMOPHORE / PHYTOCHROME / PHOTORECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


red or far-red light photoreceptor activity / response to red or far red light / red, far-red light phototransduction / protein histidine kinase activity / detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein autophosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / PHY domain / Phytochrome / GAF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain ...: / PHY domain / Phytochrome / GAF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHYCOCYANOBILIN / PHOSPHATE ION / Phytochrome-like protein Cph1
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCYSTIS SP. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mailliet, J. / Psakis, G. / Sineshchekov, V. / Essen, L.-O. / Hughes, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Spectroscopy and a High-Resolution Crystal Structure of Tyr263 Mutants of Cyanobacterial Phytochrome Cph1.
著者: Mailliet, J. / Psakis, G. / Feilke, K. / Sineshchekov, V. / Essen, L.-O. / Hughes, J.
履歴
登録2011年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,89911
ポリマ－58,7491
非ポリマー1,15010
水5,909328
1
A: PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH1
ヘテロ分子

A: PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,79922
ポリマ－117,4992
非ポリマー2,30020
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area11960 Å2
ΔGint-108.7 kcal/mol
Surface area44890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.570, 95.150, 73.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH1 / LIGHT-REGULATED HISTIDINE KINASE 1 / BACTERIOPHYTOCHROME CPH1


分子量: 58749.488 Da / 分子数: 1 / 断片: SENSORY MODULE, RESIDUES 1-514 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SYNECHOCYSTIS SP. PCC 6803 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / Variant (発現宿主): P45.2 / 参照: UniProt: Q55168, histidine kinase

-
非ポリマー , 6種, 338分子

#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 263 TO PHE
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細PHYCOCYANOBILIN (CYC): CHROMOPHORE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.2
詳細: 10 MG / ML PROTEIN, 1.9 M SODIUM ACETATE, 0.4 M MES PH 7.2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→33.9 Å / Num. obs: 53522 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.37 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VEA

2vea


解像度: 1.95→33.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.676 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES, RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21765 2662 5 %RANDOM
Rwork0.17364 ---
obs0.17578 50593 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å2-0.72 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4102 0 78 328 4508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9675892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8913.0016994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3435534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95223.942208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.68515704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6261530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2961.52620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3561.51045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34124240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.30531704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2524.51643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.945→1.995 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 179 -
Rwork0.296 3472 -
obs--92.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8933-1.8731.57774.5508-6.535512.5850.21290.3878-0.6106-0.94170.09690.22221.6251-0.5744-0.30980.5507-0.0361-0.09510.1846-0.12150.5086.1116-19.08859.603
22.255-0.61171.80992.6244-0.29452.1744-0.1054-0.33820.02210.26490.0915-0.1775-0.0075-0.20180.01390.12450.09240.01120.1168-0.00210.120525.3167-13.679838.4475
31.2535-0.2185-0.22121.44920.27951.5668-0.03580.04970.0462-0.1337-0.0222-0.05230.0210.04030.0580.02960.0056-0.00150.00580.00520.02138.99673.936124.5912
41.9817-0.0368-0.19961.03750.15082.9178-0.13450.1982-0.2007-0.05710.00950.21350.257-0.20270.1250.0770.01460.00740.09540.00350.1088-31.48617.446814.1661
54.0751-3.17931.25113.2832-1.21091.12150.12870.1331-0.1527-0.0908-0.1321-0.07790.3445-0.00150.00340.17970.0307-0.00310.1811-0.0240.07024.4526-5.12235.0647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2A19 - 125
3X-RAY DIFFRACTION2A230 - 252
4X-RAY DIFFRACTION3A132 - 229
5X-RAY DIFFRACTION3A253 - 321
6X-RAY DIFFRACTION4A322 - 442
7X-RAY DIFFRACTION4A485 - 514
8X-RAY DIFFRACTION5A444 - 484

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る